1) Фотоны отталкиваются от антивещества или притягиваются?
У нас в эмуляции их нет, но этот вопрос мы обдумывали.
Могут быть разные варианты, но самым физичным нам показался такой, где фотоны считались истинно нейтральными (ни электрического, ни гравитационного заряда), а потому поведение фотонов будет идентичным. Для такого вывода мы развили (по ОТО) такую известную аналогию - масса прогибает ткань пространства, а этот прогиб руководит движением других масс. Значит, если существует масса другого заряда, то она должна по этой аналогии "прогибать" ткань пространства не вниз, а вверх. Те массы, прогиб для которых сонаправлен, притягиваются, а те для которых противоположен - отталкиваются, и это очевидно. Фотону же из-за нейтральности должен "соответствовать" средний (нулевой) уровень пространства (естественный "прогиб" без масс) на котором он может двигаться только прямолинейно. Значит любые искажения от этого нулевого пространства в одну или другую сторону будут для фотона одинаковы.
Для визуализации гравитационных полей по Ньютону мы раскрасили пространство в нулевой серый цвет (смесь противоположных), массы одного типа в белый, а противоположного типа - в чёрный. Заряды окрашены в цвета, которые в нейтральном виде (сумма, аддитивная система) и дают такие чёрно-белые комбинации. По условиям эмуляции гравитационные поля конечные, потому мы их сократили. Электрон полученный из цветного отрезка - продолжение отсюда, но сейчас он в пургатории, а потому я завершаю интерпретационное объяснение. Фотонам здесь также всё равно белые или чёрные гравитационные поля им встречаются - главное для них, это градиент отклонения от серого и его величина.
2) Как быть с кварками, как понять кто из них кварк, а кто антикварк
По ОТО-аналогии кварки будут прогибать ткань пространства в одну сторону, а антикварки в другую.
и почему гравитационная и инерционная массы протонов и нейтронов совпадают?
В каком именно смысле совпадают? Численно они различны, а качественно идентичны, т.е. прогибают ткань пространства в одну сторону: инерция одинакова - в смысле, всегда сопротивляется изменению скорости - для прогиба в любую сторону. В цветах это будет так, что они из светлой палитры, если за отклонение от серого в сторону светлоты будем считать за вещество; в обратную сторону - потемнения - будет располагаться антивещество.
А, видимо не совсем так понял вопрос! Почему гравитационная и инерционная совпадают не между ними, а для заряженной частицы отдельно и нейтральной отдельно? Тут наверно проще сказать в терминах цветовой интерпретации. Цвет - это ещё и яркость. Так вот цвет - признак заряда, а яркость в составе цвета - признак инертности. Если цвет можно нивелировать, то яркость - нет. Яркость здесь количественный аналог энергии, а цвет - качество этой энергии выражающее заряд. И гравитационные и электрические поля обладают одинаковой формой, но форма порождена различным содержанием.