Например когда говорят про спектр излучения звезды - это не имеет отношения к собственным значениям какого-то оператора.
Ну как не имеет? Спектр звезды складывается из спектров излучения отдельных атомов, а их можно описать квантовомеханически, и на собственные значения выйти. Просто далёкий путь - но связь есть, тут не просто случайное совпадение.
Но сдвиг фазы же вроде как линейный. Если линейный, то это не есть проблема. А вот про "несущественная" и "мещающая", я что-то не врубился о чем это?
Ну вот берёте вы, для простоты, синусоиду. Делаете ей Фурье. Получаете одну комплекснозначную величину, отличную от нуля. Если вдруг возьмёте ту же синусоиду, но регистрировать её будете в другой момент времени, соответствующая величина будет иметь тот же модуль, но иной аргумент. И когда Вы пожелаете усреднить по нескольким реализациям, которые регистрируются в моменты времени, связь которых с фазой Вы контролировать не можете, то после усреднения получится 0. То есть вот этот неизвестный заранее сдвиг фазы относительно условного момента начала регистрации у нас мешающий параметр, а если он различен в разных реализациях, то и вовсе обнулит нам ответ, хотя сигнал имеется. Поэтому берём коэффициенты разложения, умножаем на комплексно сопряжённые - получаем квадраты модулей, которые уже от момента начала не зависят, и мы их можем усреднять, не боясь потерять всё.