Коронавирус

[alisa-lebovski]

EUgeneUS в сообщении #1510372 писал(а):

Очередная волна весной может возникнуть по следующим причинам:

Разница в том, что Вы идете от теории, а другие от эмпирики. Чем Вы тогда объясните третью волну в Европе?

[ipgmvq]

EUgeneUS в сообщении #1510372 писал(а):

2. А вот картинка

Медицинская статистика в РФ это дело к сожалению очень непрозрачное. Цифры всегда приходится выцеплять из вторичных источников и не по всем заболеваниям понятно, что попадает в категорию.
К примеру по Вашей ссылке указана помесячная динамика острых инфекций верхних дыхательных путей. Понятно, что категория в любом случае формируется по статкартам и по кодам основного заболевания. Но попадают ли туда острые инфекции нижних дыхательных путей (если врач кодирует острый бронхит или острый трахеит или обострение хронического бронхита) или острая внебольничная пневмония, не совсем понятно. Однако отдельной категории "острые инфекции нижних дыхательных путей" в статистике Росстата нет. Есть верхних, грипп, ряд специфических респираторных заболеваний типа коклюша, отдельно можно попытаться найти пневмонии. Самые лучшие помесячные данные из возможных можно накопать в файлах .xls разложенных на серверах статведомств, но в них данные репортируются кумулятивно с янв по соответствующий месяц каждого года (по отдельному файлу на каждый месяц). Удобнее пока дать доступ к этим важным данным (выложить несводные таблицы или, что я такое несу в 21 веке, сделать публичный API к стат. базе, как у буржуев) пока не сообразили.

Проецировать эту сезонность на COVID-19 сложно:
1) COVID-19 к нашему сожалению это не в чистом виде инфекция верхних дыхательных путей (она опасна вовлечением нижных дыхательных путей и ткани лёгкого).
2) сама категория острых инфекций верхних дыхательных путей чрезвычайно гетерогенна: среди возбудителей сотни разных бактерий с очень разным строением и устойчивостью во внешней среде, и сотни разных вирусов, включая покрытых мембраной (типа вирусов парагриппа, гриппа, старых коронавирусов, кори, свинки и т.д.) и непокрытых мембраной вирусов (типа аденовирусов, риновирусов), у которых очень разная выживаемость во внешней среде и устойчивость к высушиванию, и способности передачи через поверхности. По сути эта кривая является наложением заболевамости разными бактериями и вирусами с возможно разной цикличностью. Вычленение заболеваемости гриппа из общей кривой показывает, насколько один респираторный вирус может иметь отличную цикличность.
3) лучше не использовать заболеваемость по всей РФ скопом (очень много климатических зон со своими режимами влажности, температуры и инсоляции). В документе по этой ссылке на рисунке 78 странице 115 более свежие и более дискретные (понедельные) данные вероятно по тем же категориям и конкретно по Москве. Однако вместо категории острые инфекции верхних дыхательных путей используется иное понятие ОРВИ (и мы не имеем никакого понятия, имеют ли они в виду только вирусные инфекции и не только ли верхних дыхательных путей, или просто те, кто делали отчет, (это скорее всего) не видят между этими понятиями никакой разницы). Так и живём.

[EUgeneUS]

alisa-lebovski в сообщении #1510382 писал(а):

Разница в том, что Вы идете от теории, а другие от эмпирики.

Это что за эмпирика такая: "у нас будет как на Западе, только хуже позже"? Основания какие для неё?
Для неё были основания весной, и то только на первой фазе (экспоненциальный рост первой волны), причем эти основания были банальными:
1. В первая фазе всегда наблюдается экспоненциальный рост.
2. Массовый занос в Россию произошел позже, чем в Европу.
А сейчас-то какие?

alisa-lebovski в сообщении #1510382 писал(а):

Чем Вы тогда объясните третью волну в Европе?

Эпид. процесс во многом (если не во всём) описывается параметром $R_t$ - сколько человек заражает один инфицированный в данных условиях. Его (сильно упрощено) ассоциируют со второй производной количества заболевших. Вот и подумаем от чего может зависеть $R_t$, факторов-то немного:
1. От $R_0$ - это свойство патогена. Сколько человек заразит один инфицированный при полностью неиммунной популяции и в отсутствии каких-либо мер.
2. От размера иммунной прослойки.
3. От частоты контактов, при которых может передаться инфекция. А значит от
3.1. Опосредованно от климатических факторов, а также от другой сезонности влияющей на поведение людей.
3.2. От карантинных мер и их соблюдения.
4. От выживаемости патогена в окружающей среде. Тут прямая зависимость от климатических факторов.

Вот и подумаем какие факторы могут измениться в сторону увеличения $R_t$

1. Может. Если британский мутант действительно более заразен.
2. Может в будущем. Если южноафриканский мутант действительно так хорошо избегает иммунитета к первоначальному ковиду. Но это вопрос некоторого будущего времени. Сейчас же иммунная прослойка стабильно растет с каждым новым заболевшим.
3.1 Климатические факторы скорее всего будут все больше способствовать проведению времени на свежем воздухе, то тесть будут играть в сторону уменьшения $R_t$.
3.2. А вот игнорирование каратинных мер или их ослабление легко повысит $R_t$, например с $0.8$ (спад) до $1.2$ (рост). Вот Вам и новая волна, какого угодно номера.
4. По этому поводу идут споры. Но вряд ли этот фактор и его изменение играют существенную роль.

-- 21.03.2021, 20:32 --

ipgmvq в сообщении #1510401 писал(а):

В документе по этой ссылке
на рисунке 78 странице 115 более свежие и более дискретные (понедельные) данные вероятно по тем же категориям и конкретно по Москве.

А чем эта картинка принципиально отличается от картинки, на которую я дал ссылку? Вы же не будете серьезно утверждать, что в первые две недели года действительно имеется резкий спад заболеваемости ОРВИ?

[ipgmvq]

EUgeneUS в сообщении #1510402 писал(а):

параметром $R_t$ - сколько человек заражает один инфицированный в данных условиях

Увы, этот параметр не константа, но положительная дискретная случайная величина даже в отношении одного очень конкретного человека. Случайная величина, чьё распределение нам неизвестно. Не исключено, что у него весьма высокая дисперсия.
У другого конкретного человека при тех же внешних нормативных условиях (тех же карантинных предписаниях), но иных занятости, семейном положении, бытовых условиях проживания, разгильдяйстве, данная случайная величина будет иметь иное распределение, чем у первого индивидуума, возможно с радикально отличающимся матожиданием и центилями.
Даже если Вы изберете для симуляции Монте-Карло произвольные, но удобные (быстрые в плане вычислений) параметрические или табличные распределения с высокой дисперсией и огромной вариабельностью параметров индивидуальных распределений приведенного Вами параметра, моя интуиция подсказывает мне, что прогнозировать эпидемию станет весьма сложно даже в рамках этой искусственной модели. Если же Вы ещё добавите корреляцию параметров в цепочке заражений (типа "разгильдяй" чаще заражает "разгильдяя", а "опасливый" чаще "опасливого", потому что, допустим, такое их социальное окружение), то это ещё больше прибавит вариабельности исходу симуляции.

-- 21.03.2021, 20:54 --

EUgeneUS в сообщении #1510402 писал(а):

А чем эта картинка принципиально отличается от картинки, на которую я дал ссылку? Вы же не будете серьезно утверждать, что в первые две недели года действительно имеется резкий спад заболеваемости ОРВИ?

я не оспаривал Ваш тезис о том, что весной нет пика — в этом, я думаю, Вы абсолютно правы. Я просто удивился, что вы ссылаетесь на какой-то мутный веб-сайт и данные 2001 года (и опасался, что Вам не поверят именно потому, что у Вас очень старые данные и неавторитетный источник).
Отличается тем, что это срез по климатически однообразному региону.
Да, не то чтобы буду утверждать, но я не исключаю этого. Хотя конечно, вся эта статистика по обращаемости к врачу (нет обращаемости — нет статистики). В РФ 10 дней выходных, в первые дни всё вымирает. Люди пьянствуют по домам. Не ходят на работу. Но я не хочу тратить время, на то, чтобы это как-то проверять. Это не имеет практического значения.

[EUgeneUS]

ipgmvq в сообщении #1510407 писал(а):

Увы, этот параметр не константа,

Конечно, не константа. Он изменяется со временем.

ipgmvq в сообщении #1510407 писал(а):

но положительная дискретная случайная величина даже в отношении одного очень конкретного человека.

Конечно, речь идёт о среднем по популяции значении.

ipgmvq в сообщении #1510407 писал(а):

Случайная величина, чьё распределение нам неизвестно. Не исключено, что у него весьма высокая дисперсия.

Да и наплевать. И на первое, и на второе. В данном контексте (см. ниже) нам важно только среднее.

ipgmvq в сообщении #1510407 писал(а):

Даже если Вы изберете для симуляции Монте-Карло произвольные, но удобные (быстрые в плане вычислений) параметрические или табличные распределения с высокой дисперсией и огромной вариабельностью параметров индивидуальных распределений приведенного Вами параметра, моя интуиция подсказывает мне, что прогнозировать эпидемию станет весьма сложно даже в рамках этой искусственной модели. Если же Вы ещё добавите корреляцию параметров в цепочке заражений (типа "разгильдяй" чаще заражает "разгильдяя", а "опасливый" чаще "опасливого", потому что допустим такого их социальное окружение), то это ещё больше прибавит вариабельности исхода симуляции.

Во-первых. В данном контексте ("почему появилась N-я волна?") это не важно. Так как мы не прогнозируем, а объясняем N-ю волну.
Во-вторых, что касается именно прогнозирования эпид. процесса, то подобная работа была относительно недавно. Что-то про неё писали в научпоп жанре в "Троицком варианте" и даже было интервью с авторами.
То есть Ваши рассуждения на эту тему - не пустые, но к конкретному обсуждаемому вопросу не имеют отношения.

[ipgmvq]

EUgeneUS в сообщении #1510411 писал(а):

Так как мы не прогнозируем, а объясняем N-ю волну.

Вы критикуете, не до конца разобравшись. Поучать Вас у меня нет никакого намерения. Обращу Ваше внимание только на то, что в рамках очень "размашистой" симуляции, которую я предчувствую при большой вариабельности приведенного Вами параметра и социальной корреляции, частный случай этой симуляции может "нарисовать" Вам сколько угодно выраженных "волн", которые Вы замучаетесь "объяснять".

[EUgeneUS]

del

[geomath]

Обилие информации - не обязательно хорошо, ибо не остается места для творчества и собственных мыслей, а в голову лезут одни чужие.

-- Пн мар 22, 2021 09:07:23 --

Когда спрашиваешь у специалиста, чтобы построить математическую модель, каковы средние или, еще лучше, характерные значения величин, то он как бы ужасается и первое, что вспоминает, это про "среднюю температуру по больнице", а потом попросту утопает в деталях.

[EUgeneUS]

ipgmvq в сообщении #1510413 писал(а):

Обращу Ваше внимание только на то, что в рамках очень "размашистой" симуляции, которую я предчувствую при большой вариабельности приведенного Вами параметра и социальной корреляции, частный случай этой симуляции может "нарисовать" Вам сколько угодно выраженных "волн", которые Вы замучаетесь "объяснять".

Не знаю, что Вы понимаете под "социальной корреляцией". Но чтобы показать несколько волн, например, две, при неменяющихся во времени параметрах достаточно рассмотреть две невзаимодействующие субпопуляции для которых имеются разные $R_0$. Тогда мы будем иметь два независимых эпид. процесса с пиками в разных точках. $R(t)$ в каждом из них будет вести себя "хорошо" - по $S$-кривой от максимума снизится до нуля. Но у усредненного $R(t)$ и общего количества "заболевших в день" будет колебание (одно ).

Однако, таким путем сделать сколько угодно "выраженных волн" нельзя, так как с разбиением популяции на все большее количество слабо взаимодействующих субпопуляций, Вы развалите эпидемию на серию вспышек, каждая из которых затрагивает лишь небольшую долю популяции. Чего, очевидно, не наблюдается.

Наличие в популяции дисперсии среди индивидуумов по вероятности заразиться и по вероятности передать заболевание не оспаривается. Однако,
а) с чего бы нам считать, что имеется несколько кластеров?
б) с чего бы нам считать, что если даже кластеры имеются, то они слабо взаимодействуют друг с другом?
Всё это требует обоснования.

ipgmvq в сообщении #1510413 писал(а):

Вы критикуете, не до конца разобравшись.

В первую очередь я критикую механическое перенесение картинок из Европы на Россию. В стиле "если там есть третья волна, то и в России она будет через такое же время после второй и такого же размера".

[ozheredov]

EUgeneUS в сообщении #1510411 писал(а):

Во-вторых, что касается именно прогнозирования эпид. процесса, то подобная работа была относительно недавно

Где можно приобщиться?

[vicvolf]

EUgeneUS в сообщении #1510444 писал(а):

Однако,
а) с чего бы нам считать, что имеется несколько кластеров?
б) с чего бы нам считать, что если даже кластеры имеются, то они слабо взаимодействуют друг с другом?
Всё это требует обоснования.

Вы упрощаете математическую модель, а для этого как раз нужны обоснования!

Цитата:

В первую очередь я критикую механическое перенесение картинок из Европы на Россию. В стиле "если там есть третья волна, то и в России она будет через такое же время после второй и такого же размера".

Механически никто не переносит, но несомненно есть общее - изменение погоды и новые более заразные штаммы. Локдаун в Европе никто не переносит, потому что его у нас нет. Процент привитых в Европе тоже никто не переносит, так как у нас он ниже. Все это наоборот повышает у нас вероятность третьей волны! Притом не надо забывать, что вторая волна у нас угасла не полностью и в основном на бумаге.

[alisa-lebovski]

EUgeneUS в сообщении #1510402 писал(а):

Это что за эмпирика такая: "у нас будет как на Западе, только позже"? Основания какие для неё?
Для неё были основания весной

Со второй волной тоже так было.

Насколько я поняла, Вы видите объяснения третьей волны в Европе в игнорировании или ослаблении карантинных мер и распространении новых штаммов. Первого у нас хватает, второе тоже доберется.

[EUgeneUS]

ozheredov в сообщении #1510448 писал(а):

Где можно приобщиться?

Вот интервью с авторами. Там есть ссылка на собственно работу.

-- 22.03.2021, 10:03 --

vicvolf в сообщении #1510450 писал(а):

Вы просто упрощаете математическую модель, а для этого как раз и нужны обоснования!

Чтобы продать что-то не нужное, нужно купить что-то не нужное. (с)
Чтобы упростить математическую модель, она должна быть. У Вас она есть?

-- 22.03.2021, 10:14 --

alisa-lebovski в сообщении #1510451 писал(а):

Со второй волной тоже так было.

Вторая волна в РФ однозначно связана с началом учебного года.

alisa-lebovski в сообщении #1510451 писал(а):

Насколько я поняла, Вы видите объяснения третьей волны в Европе в игнорировании или ослаблении карантинных мер и распространении новых штаммов. Первого у нас хватает, второе тоже доберется.

В том-то и дело, что карантинные мероприятия у нас уже давно не соблюдаются. Этот фактор уже сыграл. Единственное оставшееся ограничение, отмена которого может вызвать всплеск - это массовый выход с удалёнки (тех, кто пока ещё на ней).
Что касается мутантов, то да, они вызывают опасения. В первую очередь южноафриканский. Всё будет зависеть от того, насколько он будет эффективно убегать от иммунитета, вызванного заболеванием "оригинальным" штаммом, и вызванного вакцинацией СпутникV.

-- 22.03.2021, 10:17 --

vicvolf в сообщении #1510450 писал(а):

Притом не надо забывать, что вторая волна у нас угасла не полностью и в основном на бумаге.

Началось в деревне лето...
Даже kry уже довольно давно на основании анализа запросов к поисковикам сообщал, что заболеваемость идет на спад.

[ozheredov]

EUgeneUS в сообщении #1510452 писал(а):

Там есть ссылка на собственно работу.

Спасибо. Наши доморощенные форумные прогнозы от Philipp ничем не уступают ни по красоте, ни по предсказательной ценности

[wrest]

EUgeneUS в сообщении #1510402 писал(а):

Это что за эмпирика такая: "у нас будет как на Западе, только хуже позже"? Основания какие для неё?

Я почему-то тоже думаю, что у нас будет как на западе. Но не думаю что хуже или позже - может быть всяко. Основания простые - так уже было. Я смотрю на Нью-Йорк и Москву :) Повторяется общая закономерность (волны) -- первая пришла с запаздыванием, вторая с опережением. Если у них начнется третья, то и у нас тоже (и наоборот, может раньше начнется у нас).
Третья волна, конечно, уже будет на фоне активной вакцинации и тут может проявиться особенность -- отставание России по проценту людей с иммунитетом.

Но вообще конечно прогнозирование этой эпидемии оказалось никуда не годным. Сперва как-то было увлечение колоколообразными кривыми, логистической и т.п. Но выяснилось, что дейтсвия властей и населения влияют так сильно, что все прогнозы насмарку. Плюс неучтенные или неверно учтенные факторы типа тех что несмотря на локдауны, дофига народа все равно работает и ездит в общественном траспорте, но при этом часть носит маски часть не носит и т.п.