Коронавирус

[Lia]

Милые дамы. Не нагнетайте.

[alisa-lebovski]

berenika, поддерживаю.

[EUgeneUS]

Dmitriy40 в сообщении #1492384 писал(а):

Обращу лишь внимание что речь не про смертность и не про летальность (разница между ними объяснена в самой статье).

Про термины.
Насколько понимаю,
1. В английском языке есть
а) case fatality rate (CFR) - количество умерших от инфекции к количеству заболевших.
б) infection fatality rate (IFR) - количество умерших от инфекции к количеству инфицированных.

2. В русском языке.
а) Термин "летальность" - это из эпидемиологии.
Соответственно, и CFR, и IFR - это летальность. CFR - клиническая летальность, IFR - инфекционная летальность.
б) Термин "смертность" - это из демографии. В английском ему соответствует mortality. Отношение умерших к народонаселению. То есть "смертность от ковида" - это отношение умерших от ковида к народонаселению.

В статье на элементах объясняется разница между "КС - коэффициентом смертности" и "КЛ - коэффициентом летальности", судя по объяснениям, первое - это IFR, второе - CFR. Но переводчики придумали свои термины.

-- 16.11.2020, 07:34 --

worm2 в сообщении #1492410 писал(а):

Если взять за основу 0.23% смертности и 4600 официальной сверхсмертности (апрель-сентябрь 2020 г. по сравнению с апрелем-сентябрём 2019 г.) в Башкирии, то получается, что у нас переболело 4600/0.0023 = 2 млн. человек, половина населения региона. При таких солидных показателях нам полагается коллективный иммунитет, и где он?

Есть простая оценка, доли неиммунной части популяции, при которой останавливается распространение инфекции: $\frac{1}{R_0}$, где $R_0$ - базовый коэффициент распространения в неиммунной популяции.
Проблема в том, что $R_0$ - это не свойство патогена, а свойство отношений между патогеном и популяцией хозяина, зависит как от патогена, так и от оп популяции. Например, от частоты контактов. Оценки $R_0$ для ковида имеются, но не ясно, насколько они адекватны для Поволжья или Урала в условиях осенне-зимнего похолодания. Кроме того, не видел оценок $R_0$ для ковида меньше $2$.
Отсюда вывод: 50% переболевших - скорее всего это пока мало для коллективного иммунитета.

Но и с другой стороны, IFR в 0.23% выглядит таки заниженным, исходя из отношений сверхсмертности и данных по мониторингу антител.

-- 16.11.2020, 07:36 --

berenika в сообщении #1492478 писал(а):

О да, реальности практически параллельные.

Ситуации в разных регионах могут различаться очень сильно.

[Dmitriy40]

EUgeneUS в сообщении #1492582 писал(а):

[а) case fatality rate (CFR) - количество умерших от инфекции к количеству заболевших.

Насколько я понимаю, это не только заболевших, а вообще всех, (кого протестировали и) кому поставлен диагноз. В том числе и бессимптомно, лишь по ПЦР или антителам. Именно эту цифру везде в СМИ и приводят как "смертность" (или иногда более корректно "летальность"). Потому что её просто подсчитать, просто по факту, есть количество бумажек с диагнозом и есть количество бумажек о смерти, их (обратное) отношение и есть CFR. Для IFR, который вообще говоря гораздо более интересен и полезен, нет бумажек по количеству заражённых, есть только разные оценки.
И оба этих показателя более-менее объективны в том смысле что больше зависят от патогена (вируса) (от действия врачей конечно тоже, понятно), чем от общественного поведения. В отличии от смертности, которая выводится фактически по итогам эпидемии и сильно зависит от поведения людей и принимаемых властями мер.
Зачем в переводе стали изобретать термины тоже не понял, уж пользовались бы CFR/IFR, хотя бы люди могли пойти в вики и посмотреть. Впрочем Рис.3 с объяснением различий как раз в вики и отсылает и там всё правильно, КЛ=CFR, КС=IFR.
И выводы в статье относятся к КС=IFR, что как раз и интересно (CFR=КЛ и так публикуется всеми и везде).

-- 16.11.2020, 10:57 --

EUgeneUS в сообщении #1492582 писал(а):

Но и с другой стороны, IFR в 0.23% выглядит таки заниженным, исходя из отношений сверхсмертности и данных по мониторингу антител.

А вот тут другая проблема: учёные пользуются публикуемой официальной статистикой, а не сверхсмертностью, просто потому что это объективно (совсем грубо - есть бумажки), а оценки по сверхсмертности гораздо сильнее зависят от предположений, принимаемых исследователем (типа какую долю сверхсмертности отнести на счёт ковида, прямо или косвенно). Потому цифры и могут быть занижены. Уверен что по мере появления официальной статистики (сверх)смертности будут появляться и исследования с цифрами по ней (и кстати вот они будут уже не IFR/CFR, а именно смертность/mortality, которая может быть выше в абсолютных цифрах умерших, но ниже в коэффициенте на всё население, и что пересилит пока непонятно), но это ближе к весне-лету вероятно, уже по итогам года. По отдельным странам они наверняка уже есть, но в данный метаобзор не вошли из-за другой методологии.

PS. Я не спорю с Вами, скорее поясняю для других читающих тему.

[Philipp]

alisa-lebovski в сообщении #1491204 писал(а):

Philipp в сообщении #1491183 писал(а):

Ниже картина по Москве на сегодня.

А прогноз какой на ноябрь?

Прогноз всегда дело наблагодарное. В случае инфекции работает в лабораторных условиях на колонии мышей, которым навязывают правила поведения. Человеку навязать можно, но добиться выполнения сложнее.
Ниже картина по Москве на сегодня, через 8 дней после крайнего анализа. Коричневый аппендикс – прогноз на 2 недели вперед по состоянию на неделю назад. Сравните с фактом, но именно последняя неделя ознаменовалась подготовленными ограничениями, а с 13 ноября они еще ужесточились. Можно считать, что пик 5968 (по аппроксимации) миновал 10-11 ноября, и идем на спад.
«Прогноз» же давал пик 6885 сегодня, 16 ноября. Сдвиг объясним изменением условий и сходом с тенденции, но общий характер сохранился – пик позади.



Ниже коэффициент распространения. 13 ноября Роспотребнадзор рапортовал (по всем Вестям прошло), что коэффициент упал до 0,90, это очень хороший показатель. Причина тривиальна – пиковое значение 6897 за 9 ноября ушло из числителя в знаменатель, оно же дало 9 ноября 1,18.



Ну не может такой важный показатель, на основе которого должны приниматься по действующим методикам эпохальные решения, измениться на 0,28 за менее чем неделю. Причина косяков – недельная цикличность нашей жизни и системы диагностики/приема больных. А тут еще 4 ноября цикл сбило.

-- 16.11.2020, 17:20 --

alisa-lebovski в сообщении #1492026 писал(а):

Речь шла о выступлении Гундарова.

Гундаров среди упомянутых Марией Шукшиной «правильных» врачей. Ну и у Шукшиной медицинский авторитет немалый – она же медсестрой у Брежнева была. И даже лечила его таблетками в обход Чазова. Не в жизни, правда, а в сериале. С тех пор она со стетоскопом наперевес на каждой рекламе очередного фуфломицина.

https://yandex.ru/turbo/tsargrad.tv/s/n ... -19_297669

-- 16.11.2020, 17:29 --

EUgeneUS в сообщении #1492582 писал(а):

Кроме того, не видел оценок $R_0$ для ковида меньше $2$.

Именно это значение было зафиксировано в Ухани в самый первый месяц эпидемии, и потом постоянно подтверждалось. В Москве в начале апреля сглаженный коэффициент был всего 1,34. Максимум эффективного коэффициента 1,91 был зафиксирован 5 мая (Роспотребнадзор), но это артефакт за счет резкого перелома с 3561 диагнозов 1 мая к 5358 2 мая. Альтернативный коэффициент на этот день всего 1,55. Второй максимум 28 сентября (соответственно 1,94/1,65).
Но последнее время стали поговаривать о базовом для ковида 4. Что явно невероятно на протяжении времени и на большой выборке, это надо какие-то особые условия создать, типа коронавечеринок вроде практиковавшихся в деревнях "оспенных вечеринок" при краснухе у девочек. В США они и сейчас популярны, родители устраивают для детей. А так да, если дите придет из школы/детсада и одномоментно заразит родителей и прародителей, то локальный коэффициент будет 4.

[EUgeneUS]

Philipp в сообщении #1492649 писал(а):

Именно это значение было зафиксировано в Ухани в самый первый месяц эпидемии, и потом постоянно подтверждалось.

В Ухани, очевидно, это величина была занижена из-за низкой выявляемости, особенно в начальный период эпидемии.
Ближе к концу эпидемии в Ухани видел оценки на уровне 3-4.
Рассчитывать $R_0$ по статистике других стран вообще смысла нет - везде количество случаев занижено.
Нам же для $R_0$ нужно всех инфицированных посчитать. Это с одной стороны.

С другой стороны, $R_0$ - это показатель для полностью неиммунной популяции. А текущие значения измеряются в популяции уже с некой иммунной прослойкой.

[alisa-lebovski]

Бурятия ввела повторный локдаун на две недели из-за коронавируса

https://tourism.interfax.ru/ru/news/articles/74839

[Pphantom]

Пожалуйста, давайте все-таки оставим эмоции при себе. Серия оффтопичных сообщений удалена.

[Xey]

Цитата:

Москва. 9 ноября. INTERFAX.RU - Первая поставка вакцины от коронавируса в медучреждения в промышленных масштабах будет осуществлена на текущей неделе, сообщил глава Минздрава Михаил Мурашко.

"На прошлой неделе в регистрационное удостоверение по производству вакцин от коронавирусной инфекции внесена первая мощная производственная площадка, и компания "Генериум" начала отгрузку на этой неделе вакцины именно с производственных площадок в непосредственно медицинские организации. Это первые поставки, которые наращиваются фактически в ежедневном режиме", - сказал Мурашко,
https://www.interfax.ru/russia/736248

Количество не приводится.
Месяц назад в Петербург поставили 400 доз, а еще месяцем раньше 41 дозу.

Цитата:

САНКТ-ПЕТЕРБУРГ, 15 октября. /ТАСС/.
"Мы сегодня получаем 400 доз данной вакцины, вакцина для профилактики коронавирусной инфекции. До конца года у нас будут еще поставки этого препарата, порядка 4 тыс. доз.
https://tass.ru/obschestvo/9726569

Маловато, пока надежда на маски, мыло, утрафиолетовую лампу и на ограничения.

[alisa-lebovski]

Письмо ученых о статье в Lancet про вакцину «Спутник V» .

https://trv-science.ru/2020/11/covid-19 ... etraction/

И еще обзор о ковиде и вакцинах

https://trv-science.ru/2020/11/covid-19-vaccine-1/

[wrest]

Сегодня, по всей видимости, один год с момента появления "нулевого пациента".

[EUgeneUS]

alisa-lebovski в сообщении #1492855 писал(а):

Письмо ученых о статье в Lancet про вакцину «Спутник V» .
https://trv-science.ru/2020/11/covid-19 ... etraction/

В этом письме обвинения чуть ли не в фальсифкации данных. Например:

Цитата:

б) значения средних геометрических в тексте не соответствуют величинам на рисунках и не согласуются с воспроизведенными оценками. Например, для фазы 2 испытания замороженного препарата среднее геометрическое титра IgG на 28-й день составляет 3442 в тексте, около 6400 на рис. 2-B и 5382 при использовании индивидуальных данных с рис. 2-В. Есть аналогичные расхождения и для других дней;

При этом в статье в Ланцете указано:

Цитата:

7 days after boost, GMTs had increased to 3442 with Gam-COVID-Vac (p<0·0001 at day 28 vs day 21) and 5322 with Gam-COVID-Vac-Lyo (p<0·0001 at day 28 vs day 21)

Вот и посчитаем.
На рисунке 2B (левая панель - для Gam-COVID-Vac) ряды такие:
28 день: 26500 - 2 раза, 12800 - 4 раза, 6400 - 5 раз, 3200 - 5 раз, 1600 - 4 раза. Среднее геометрическое - 5400 (округлено до целых).
21 день: 6400 - 4 раза, 3200 - 3 раза, 1600 - 6 раз, 800 - 2 раза, 400 - 1 раз, 200 - 4 раза. Среднее геометрическое - 1345 (округлено до целых).

Разница: 4055.

Получился какой-то третий вариант, не как в "Ланцете", и не как у критиков.
Но видно следующее:
Критики считают GMT за 28 день. А в тексте указано про рост GMT по сравнению с 21 днем.
Вот как так можно "вице-президентам Общества специалистов доказательной медицины" совершенно не понятно.
Расхождение между 3442 в тексте и полученным 4055 объясняется тем, что авторы статьи в "Ланцете" для расчета GMT скорее всего использовали данные без округления до круглых баров, как на рисунке.

-- 18.11.2020, 08:00 --

Кроме того.
Шкала оси $Oy$ - логарифмическая.
Для 28 дня для Gam-COVID-Vac посчитанное по данным графика значение GMT получается 5400 (у меня) или 5382 (у критиков).
И где же должна стоять эта риска, как "не около 6400 на рис. 2-B"? Она и стоит там, чуть ниже 6400. Как и полагается.
Не ясно какую проблему увидели критики.

[EUgeneUS]

alisa-lebovski в сообщении #1492026 писал(а):

А ведь можно было привести эти цифры. Они много места не занимают. Это прибавило бы убедительности в глазах людей, умеющих считать. Но видимо, их мнение и поддержка для властей не так важны.

В пресс-релизе от Пфайзер про эффективность их вакцины не только не указано, как распределяются 94 зафиксированных случая между тестовой и контрольной группами, но и не указан размер контрольной группы.
Например.

[пианист]

EUgeneUS в сообщении #1492893 писал(а):

Вот как так можно "вице-президентам Общества специалистов доказательной медицины" совершенно не понятно.

А почему бы Вам на сайтике ТрВ и не задать вопрос?

[EUgeneUS]

пианист в сообщении #1492899 писал(а):

А почему бы Вам на сайтике ТрВ и не задать вопрос?

Я его там задал. Комментарий на премодерации.

И ещё.
Критики:

Цитата:

8. Авторы сообщают о нескольких ограничениях своего исследования. Согласно критериям включения в исследовании могли участвовать лица в возрасте от 18 до 60 лет. Авторы называют ограничением исследования молодой возраст участников, средние значения которого находятся в диапазоне от 25 до 31 лет. Однако максимальный возраст участников не указан. Судя по всему, имело место неэтичное включение военнослужащих, которых было легко набрать для исследования.

Статья в Ланцет:

Цитата:

The study of Gam-COVID-Vac was done at a branch of Burdenko Hospital, an agency of the Ministry of Defence. Both civilian and military volunteers took part in that study. Military personnel were contract employees (who received a salary for their work) and not individuals conscripted for compulsory military service. The study of Gam-COVID-Vac-Lyo took place at Sechenov University and all volunteers in that study were civilians.

Совершенно непонятно, какие вопросы возникли у критиков в этом пункте, на которые нет ответа в статье.