Скорее всего никак: мутации de novo просто не смогут задушить инбредную депрессию, поэтому произойдет относительно быстрое вырождение такой популяции.
Вы опять-таки предполагаете, что клоны Прототипа скрещиваются между собой обычным образом. Условие задачи другое.
Условие: магическим образом у всех детей в любом поколении точно один и тот же геном. У всех. Один и тот же. Никаких мутаций de novo, никакой перетасовки генома половым размножением.
Вопрос, почему такое невозможно, не задаётся. Ежу понятно, почему такое невозможно, а если кто здесь не ёж, это его личные проблемы.
Вопрос, который задаётся. Как повлияло бы на психологию людей, и через неё - на жизнь общества, если бы все люди во всех поколениях были генетически одинаковыми?