Коронавирус

[vpb]

Вышеуказанная статья имеет
продолжение. В первой статье рассматривались 41 случай, госпитализированные с 16 декабря по 2 января, а во второй --- 99 человек, со 2 января по 20 января. Правда, все или нет, я не вполне понял. Возможно, все в пределах одной больницы.

Во второй статье тоже есть много интересного. Например, зависимость течения болезни и смертности от возраста и наличия сопуствующих заболеваний.

Судя по написанному в статьях, считать, что в среднем от госпитализации до возможной смерти проходит 6 дней, неправильно. Всё сложнее. Видимо, истинная продолжительность болезни гораздо больше. Например, у того врача, кто первым стал бить в набат (не помню, как его зовут;
в новостях писали, что сегодня он Богу преставился), он болел с 11 января до вчерашнего дня.

По первой партии пациентов смертность была 15 %, по второй --- 11 %, но вторая партия на момент написания статьи была еще не долечена. Можно предполагать, что 4 особо тяжелых пациента, которые были интубированы и на момент написания статьи находились в том же состоянии, не выжили. Т.е. получается те же 15 %.

Феномен как бы "малой" смертности по случаям вне Уханя и в других странах, возможно, из-за того, что в Ухани пациенты попадали в больницу уже когда много времени с начала заболевания прошло, а вне Уханя --- более-менее на начальных этапах, поскольку люди уже были в курсе. Таким образом, пока что там смертность как бы малая, но в итоге, возможно, умрут те же самые
15 % (а возможно и больше, поскольку врачей и прочего будет не хватать).

-- 07.02.2020, 03:44 --

EUgeneUS в сообщении #1438418 писал(а):

Но столь резкое снижение патогенности за столь короткое время - это, имхо, что-то фантастическое.

И я о том же.

[EUgeneUS]

Xugin в сообщении #1438622 писал(а):

Вне очага смертность первые семнадцать дней в пределах десятка людей, это незаметно на фоне. Дальше то же что в материнском - по нарастающей.

Предлагаю не фантазировать. На данный момент, количество умерших вне очага умерло 14 в Китае и 1 на Филиппинах.

[LazyFool1]

Лекарства нет, распространяется быстро, смертность высокая. Может, всем китайцам в отпуск уйти на месяц?

[ET]

Из старенького:
В Китае сообщили, когда наступит пик вспышки коронавируса

[EUgeneUS]

ET
похоже, прогнозы китайского пульмонолога близки к правде. См. ниже.

Очередные гадания на графиках.

1. В английской википедии с 5-го числа перестали обновлять данные по провинциям Китая. Очень жаль. Но эти данные продолжают обновляться в китайской википедии.

2. 6 февраля впервые количества новых случаев - подтвержденных и подозрительных, упали одновременно. 7 февраля, количество новых подтвержденных случаев опять несколько подросло при падении подозрительных. Создается впечатление, что находимся около пика.

3. График новых случаев вне очага (в Китае) выглядит как вполне сформировавшийся колокол и это радует.

4. Количество новых смертей растет, пока очень похоже на экспоненциальный рост. В том числе и вне очага.
UPD: Вне очага 5 февраля количество умерших впервые превысило 2 человека за день (3 человека), 06.02 - 4 человека, 07.02 - 5 человек. Рост, конечно, наблюдается, но что-то говорить о характере роста на таких данных нельзя.

5. Смертность (посчитанная некорректно - умершие на сейчас, делить на подтвержденные случаи на сейчас)
а) в очаге держится уже несколько дней на уровне $2.7 - 2.8$ %
б) вне очага несколько возросла 7 февраля, но остаётся менее $0.5$ %

[EUgeneUS]

UPD2.
Тренд количества умерших очень негладкий, с 20-21 января на него легко натягивается и экспонента и прямая.

"Спрашивали - отвечаем" (FAQ от ВОЗ)

Цитата:

Следует ли мне носить маску, чтобы защитить себя?
Ношение медицинской маски может способствовать ограничению распространения некоторых респираторных заболеваний. Однако само по себе ношение маски не является гарантированной преградой для инфекций и должно сочетаться с другими мерами профилактики, включая гигиену рук и органов дыхание и избегание тесных контактов за счет поддержания расстояния не менее 1 метра между собой и другими людьми.

ВОЗ выступает за рациональное применение медицинских масок, позволяющее избежать расходования ценных ресурсов, а также ситуаций, в которых маски могут использоваться неправильно (см. рекомендации по применению масок). Соответственно, маски должны применяться только при наличии у вас респираторных симптомов (кашля или насморка), при подозрениях на инфекцию 2019-nCoV на фоне стертых симптомов или при уходе за больным с подозрением на инфекцию 2019-nCoV. Подозрения на инфекцию 2019-nCoV оправданные в тех случаях, когда больной посещал район Китая, где регистрируются случаи 2019-nCoV, или тесно контактировал с лицом, прибывшим из Китая и демонстрирующим респираторные симптомы.

Рекомендации по использованию масок в pdf без SMS

Про распространение в инкубационном периоде

Цитата:

Полученная в последнее время информация дает основания предполагать, что инфицированные 2019-nCoV люди могут быть заразными еще до наступления значимых симптомов болезни. Однако имеющиеся на сегодняшний день данные говорят о том, что большинство случаев распространения вируса приходится на людей, у которых имеются симптомы болезни.

Про наболевшее

Цитата:

Безопасно ли получать посылки из Китая или других стран, где выявлен вирус?
Да, безопасно. Получая посылки, вы не рискуете заразиться новым коронавирусом. Опыт изучения других коронавирусов говорит нам о том, что вирусы этого типа недолго сохраняют жизнеспособность на таких предметах, как письма или почтовые посылки.

[Xugin]

EUgeneUS в сообщении #1438797 писал(а):

количества новых случаев - подтвержденных и подозрительных, упали одновременно

Возможности диагностов не безграничны, просто перестали справляться с наплывом. Или люди со страха перестали обращаться, ведь попадись - изолируют. На месте виднее же, китайцы врубились что их не спасают, а тушат эпидемию.

[Xugin]

Графики говорят не так доходчиво

[Dmitriy40]

EUgeneUS в сообщении #1438801 писал(а):

Тренд количества умерших очень негладкий, с 20-21 января на него легко натягивается и экспонента и прямая.

Враньё, и про экспоненту, и про прямую, даже если брать лишь от 27 января:

Я в очередной раз повторяю, оба тренда (и заражений и смерти) превосходно укладываются лишь в квадратичную зависимость.
Хватит уже тут вранья и страшилок!

[NikolayPrimachenko]

C.D.C. and W.H.O. Offers to Help China Have Been Ignored for Weeks, 2020-02-07

(Оффтоп)

Цитата:

The two fields in which China appears to need outside help, experts said, are molecular virology and epidemiology.

The first involves sequencing the virus’s genome and manipulating it to refine diagnostic tests, treatments and vaccine candidates.

The second involves figuring out basic questions like who gets infected and who does not, how long the incubation period is, why some victims die, how many other people each victim infects and how commonly hospital outbreaks are occurring.

“This isn’t rocket science, it’s basic stuff — but it’s been five weeks and we still don’t know the answers,” one expert said.

It would be very useful, for example, to have a blood test for antibodies. That would make it possible to see how many infected people had recovered, which would make it clearer as to how lethal the virus is — and how widespread.

A major epidemiological failure by China is that the Wuhan authorities appear to have closed and disinfected the seafood market that was the outbreak’s early focus without swabbing individual animals and their cages and without drawing blood from everyone working there. That would have provided a wealth of information about which animal might have been the source of the coronavirus and which people had become infected but survived.

Asked what had happened to the animals — whether they had been burned or buried, for instance, one expert said: “No one can tell me that. I don’t think they know.”

[EUgeneUS]

По данным на 8.02.

1. Число новых случаев за день уменьшилось, в очередной раз одновременно по подозрительным и по подтвержденным. Можно с уверенностью говорить, что пик эпидемии в очаге пройден.
2. Вне очага новые подтвержденные случаи опять легли на сформировавшийся колокол, на нисходящую ветвь. Главное, чтобы вне очага где-нибудь не сформировался экспоненциальный рост.
3. Количество умерших за день в очаге - как и в прошлый день - 81. Вне очага опять выросло, до 8.
4. Смертность, посчитанная некорректно (умершие на сейчас делить на подтвержденные на сейчас) опять несколько подросла, как в очаге, так и вне его. Это понятно, и даже, как ни странно, хорошо. Как писали ранее - при активном развитии эпидемии такой подсчет показателя его занижает (так как люди сначала заболевают, а уже потом умирают). При прекращении эпидемии этот показатель будет стремиться к истинному, то есть будет несколько расти.

-- 09.02.2020, 07:40 --

Dmitriy40 в сообщении #1438944 писал(а):

Враньё, и про экспоненту, и про прямую, даже если брать лишь от 27 января:

Я рассматривал не суммарный показатель, а умерших за день. Это может быть не очень понятно из поста, на который Вы отвечали, но вполне ясно из предыдущего.
А линейный тренд в графике новых случаев - это квадратичный тренд в суммарном показателе.

Отдельно отмечу, что любой не ограничено растущий тренд рано или поздно сломается. И экспонента, и квадратичный.

-- 09.02.2020, 08:06 --

Ниже графики количества умерших по днях. В логарифмическом и линейном масштабе





Как видно
а)на первом (логарифмическая ось) вполне можно натянуть линейный тренд примерно с 29 января.
б) на втором (линейная ось) линейный тренд натягивается примерно с 23 января.

[Dmitriy40]

EUgeneUS в сообщении #1438948 писал(а):

Я рассматривал не суммарный показатель, а умерших за день. Это может быть не очень понятно из поста, на который Вы отвечали, но вполне ясно из предыдущего.
А линейный тренд в графике новых случаев - это квадратичный тренд в суммарном показателе.

Значит враньё только про экспоненту, что она натягивается так же хорошо как и квадрат.

Графики по дням исследовать не буду так как очевидно что если аппроксимация хорошо натягивается на $f(x)$, то она ровно так же хорошо натянется и на $f'(x)$ (производную), экспоненту для экспоненты и линейную для квадратичной.
Потому остановимся на том что рост смертей примерно с 20 января хорошо описывается лишь квадратичной зависимостью (ну или линейной если хотите по дням).
А до 20 января вообще не вижу смысла подбирать аппроксимацию, при малом количестве точек и их значениях меньше 7 достаточно точно можно наверное уложить почти любую функцию. И да, там скорее экспонента. Но это было лишь до примерно 20-23 января, а с 24 января со значения 41 погибших точки практически идеально ($R^2=0{,}999927$ если что) ложатся на квадратичную кривую, никак не экспоненту.

[EUgeneUS]

Dmitriy40 в сообщении #1438975 писал(а):

Графики по дням исследовать не буду так как очевидно что если аппроксимация хорошо натягивается на $f(x)$, то она ровно так же хорошо натянется и на $f'(x)$ (производную), экспоненту для экспоненты и линейную для квадратичной.

Графики по дням хорошо показывают шум, имеющийся в данных.

Dmitriy40 в сообщении #1438975 писал(а):

Значит враньё только про экспоненту, что она натягивается так же хорошо как и квадрат.

Вот с 29.01 по дням.
Линейная аппроксимация (на суммарном графике соответствует квадратичной):

$R^2=0.9700664137$

Экспоненциальная аппроксимация:

$R^2=0.9709333089$

-- 09.02.2020, 13:05 --

UPD:
FGJ, если добавить еще три дня из прошлого (с 26.01), то линейная аппроксимация остается такой же хорошей, а экспоненциальная становится хуже.

[Dmitriy40]

EUgeneUS
Что же, значит я был неправ насчёт аппроксимации производной, признаю.

Только на мой взгляд там обе аппроксимации одинаково плохи, чем одинаково хороши (по Вашему). Из-за шума. Если сгладить данные простейшим усреднением за три дня, то линейная снова станет ощутимо точнее (ближе к точкам данных, экспонента уходит от данных на концах интервала и в его середине, впрочем это и ожидалось от неправильной гладкой аппроксимации). Вы можете попробовать подобрать другой фильтр сглаживания, дающий преимущество экспоненте, верю что это возможно, но это уже подгонка под ответ.
И линейная (точнее квадратичная суммарной) при добавлении новых данных ведёт себя довольно стабильно (параметры меняются незначительно), экспоненту же приходится пересчитывать каждый раз чтобы уменьшить уход на краях интервала от реальности (особенно справа, в будущем), т.е. точность при добавлении данных падает, а не растёт как у линейной (точнее квадратичной по суммарной величине). Это ещё один признак что экспонента не подходит.

Могу предложить пари: Вы по текущим данным строите экспоненту чтобы она хорошо описывала накопленную статистику (с 20 или 24 или даже 29 января, думаю это без разницы), публикуете уравнение, продолжаете её на три дня вперёд и выдвигаете гипотезу сколько будет смертей (и заражённых) в следующие три дня. Я делаю то же самое по квадратичной зависимости. Ни Вы ни я повлиять на китайцев не можем так что эксперимент чистый. Через три дня сравниваем у кого прогноз (суммарного количества! по дням слишком велик шум, там не сравнить) оказался точнее. Ибо теория (в данном случае выбор аппроксимирующей кривой) должна давать проверяемые предсказания. Думаю Вам тоже очевиден результат. Потому что это же можно провести и по уже накопленной статистике: построить аппроксимации исключив последние три дня и визуально сравнить куда улетит экспонента справа и насколько точной окажется квадратичная. Признаюсь, я этого ещё не делал (мне результат очевиден и так), так что мы в равном положении.

Потому я продолжаю настаивать что суммарное количество заражённых и суммарное количество умерших растут квадратично, никакой экспонентой там и не пахнет. И все попытки последнюю сюда прикрутить — не более чем страшилки (как про дату заражения миллиарда китайцев от другого "автора" ). В профильном разделе считаю страшилкам не место.
Возражение про физическую осмысленность одной лишь экспоненты отметаю так как уже приводил более-менее (насколько — судить не берусь) вменяемую модель квадратичного роста.

[EUgeneUS]

Dmitriy40
ИМХО,
а) ситуация (тренды) меняются с характерным сроком около недели.
б) но на данных за неделю выявить характер тренда тяжело из-за шума.

Dmitriy40 в сообщении #1439007 писал(а):

Могу предложить пари: Вы по текущим данным строите экспоненту чтобы она хорошо описывала накопленную статистику (с 20 или 24 или даже 29 января, думаю это без разницы), публикуете уравнение, продолжаете её на три дня вперёд и выдвигаете гипотезу сколько будет смертей (и заражённых) в следующие три дня. Я делаю то же самое по квадратичной зависимости. Ни Вы ни я повлиять на китайцев не можем так что эксперимент чистый. Через три дня сравниваем у кого прогноз оказался точнее.

Неееее. На заведомо проигрышные пари не подписываюсь.

За три-пять дней новые случаи умерших достигнут пика, вслед за новыми случаями заражений (что уже имеем сейчас). И быстро растущие тренды "сломаются", что экспоненциальный, что квадратичный. Но ошибка по квадратичному тренду будет меньше, так как он прогнозирует меньший рост.

Dmitriy40 в сообщении #1439007 писал(а):

Потому я продолжаю настаивать что суммарное количество заражённых и суммарное количество умерших растут квадратично, никакой экспонентой там и не пахнет.

Рассматриваем кривую новых случаев.
а) если взять какой-нибудь "колокол", например нормальное распределение
б) рассмотреть только восходящую ветвь
в) при этом снизу выкинуть экспоненциальный хвост, а сверху ограничиться точкой перегиба
то оставшийся кусок будет довольно хорошо аппроксимироваться квадратичным трендом.
ИМХО, вот и весь фокус, с хорошей квадратичной аппроксимацией: экспоненциальный хвост вначале Вы выкинули, а до перегиба на графике новых смертельных случаев мы еще не дожили (но дожили на графике новых подтвержденных случаев).