что это какая-то лженаука
Конкретно то, что Вы читали вполне может быть и не лженаука (хотя в той части философии, которая вообще может считаться научной, её, увы, тоже хватает, так что надо внимательно смотреть), но это общие философские рассуждения. Собственно говоря, у меня ощущение, что теория систем сильно дальше этого вообще и не ушла (да и должна была ли?). Возможно я просто недостаточно осведомлен.
Можно ли занятие философией рассматривать как занятие наукой
Этот вопрос обсуждался на форуме многократно. Все основные точки зрения давным-давно высказаны. Вы можете ознакомиться с ними, если воспользуетесь поиском по форуму.
с которой методология науки вместе со всеми этими попперами и кунами, лакатосами и фейерабендами иже с ними будет содержательной и заслуживающей иного отношения как часть эпистемологии и гносеологии?
Методология науки и так теснейшим образом связана с эпистемологией/гносеологией. Что тут предлагается обсуждать?