To the best of our knowledge, all software in the MiKTeX distribution is freely redistributable (libre, that is, not necessarily gratis), within the Free Software Foundation's definition and the Debian Free Software Guidelines. Where the two conflict, we generally follow the FSF. If you find any non-free files included, please contact us (reference given at the end).
That said, MiKTeX has neither a single copyright holder nor a single license covering its entire contents, since it is a collection of many independent packages. Therefore, you may copy, modify, and/or redistribute software from MiKTeX only if you comply with the requirements placed thereon by the owners of the respective packages.
Поэтому заявление о том, что все что есть в MiKTeX покрывается FSF некорректно. При этом Christian Schenk до довольно последнего времени включал пакеты, которые не содержали лицензии вообще, либо содержали более ограничительные лицензии, и только сравнительно недавно стал их выбрасывать. И такие пакеты почти наверняка есть--даже в TeXLive, в котором отношение всегда было более жестким, такие пакеты иногда обнаруживаются.