В этом месте мы должны определиться, что мы понимаем под гипотезами. Если понимаем модели (с элементами онтологии, понятийной системой, алфавитом объектов, языком описания и тому подобным), то - нет, не умеют.
Что из этого списка невозможно описать функционально в некотором контексте и на некотором формальном языке, также принадлежащем контексту? Подчеркну, в отличие от первоначального вопроса, я задаю вопрос не про автоматическое построение такого функционального описания при помощи нейросети, а про принципиальную возможность такого описания. На мой взгляд, если это всё можно описать на языке логики, то можно свести задачу к некоторому предикату.
А под гипотезами обычно понимают элементы множества гипотез, по которому проводят оптимизацию.
И, да, если нейросети (или другие алгоритмы ML) выявляют скрытые связи между входами, они строят свои онтологии. По определению:
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9E%D0 ... 0%BA%D0%B0)