Что такое изометрическое вложение?
Вложение, сохраняющее длину кривых (а также скалярное произведение касательных векторов, относящихся к одной точке, их длины, углы между векторами). О нём имеет смысл говорить, когда на многообразии уже задана метрика.
Различные связности связаны с разными возможными координатными системами на сфере?
Нет. Возьмём многообразие

, рассмотрим кривую

, соединяющую точки

и

. В касательном пространстве точки

(обозначается

) выберем вектор

. Если задана связность, имеет смысл говорить о параллельном переносе

вдоль

в точку

. Результат параллельного переноса совпадёт с каким-то вектором

из касательного пространства точки

(обозначается

). Но с каким именно — зависит от связности.
Задать связность — это значит для любых точек

многообразия

и для любой соединяющей их кривой

указать правило, сопоставляющее касательному вектору

из

касательный вектор

из

.
Сфера — подмногообразие трёхмерного евклидова пространства. Это даёт возможность определить на ней параллельный перенос векторов следующим образом. Возьмём на сфере точки

, соединим их кривой

, лежащей на сфере. Возьмём в точке

некоторый вектор

, касательный к сфере, и перенесём его параллельно вдоль

в точку

по правилам параллельного переноса евклидова пространства (в декартовых координатах это означает постоянство всех компонент вектора при переносе, а следовательно, неизменность длины и направления). Проблема в том, что в точке

мы получим вектор, который не будет касательным к сфере.
Раз так, модифицируем перенос следующим образом. Пусть

— параметр кривой

, причём

. Возьмём в каждой точке кривой такой
касательный к сфере вектор

, чтобы

совпадал с

, а вектор производной

был всюду перпендикулярен к сфере. Здесь

— операция ковариантного дифференцирования в евклидовом пространстве; она определена, и мы на неё опираемся. Образно говоря, будем при переносе всё время так «пригибать» вектор к сфере, чтобы он оставался к ней касательным.
Upd: изменил обозначение ковариантной производной в евклидовом пространстве на

.