Возможно, у авторов модели сильно возрастают вычислительные ошибки при больших углах.
Сомнительно, поскольку у нижнего маятника с углами проблем нет -- крутится туда и сюда.
Но вы правы: энергия по той ссылке на math24 что я дал -- теряется, хотя как-то очень странно -- только в верхней половине и довольно быстро, а в нижней не теряется вообще.
Я нашел симулятор где дифуры решаются разными методами, и там где-то энергия постепенно теряется (метод Рунге-Кутты), где-то увеличивается (Эйлера), где-то меняется очень-очень медленно (Adaptive Step Runge-Kutta и Adaptive Step-Modified Euler). Энергия там выводится на экран, так что можно видеть что с ней происходит. Можно задать и начальные условия (положения, длины, массы. Но не начальные скорости).
Там также рисуется графики, так что можно себе представить какую-то картину по вероятностям. Кстати там графики разные -- например кинетическая энергия-время, потенциальная энергия-время, углы, ускорения и т.п.
Симулятор:
https://www.myphysicslab.com/pendulum/d ... um-en.html