Потенциальная энергия всегда определяется с точностью до константы, т.е. главное - как изменяется потенциальная энергия от точки к точке, а не её абсолютное значение в этих точках. Эта самая константа фиксируется один раз - и после этого никакого произвола больше не остаётся. Например, потенциальная энергия материальной точки в поле тяжести имеет вид

Это просто из закона Всемирного тяготения пишется. Так вот, разумно считать, что бесконечно далеко от тела массой

его гравитационное воздействие на частицу

отсутствует - соответственно константу в последнем выражении полагают равной нулю. Это не следует ни из каких строгих соображений. И выбор этот по существу ни на что не влияет, потому что как только Вы будете вычислять силу взаимодействия, константа моментально исчезнет при дифференцировании.
Теперь к Вашему примеру. Да, если положить, что на некотором уровне потенциальная энергия равна нулю, а кинетическая энергия на этом уровне оказывается равной

, то полная энергия в течение всего движения останется ровно такой же,

(ну, в предположении, что других сил никаких нет). Если очень захочется определить потенциальную энергию на начальном уровне равной

, то всего-навсего эта самая константа

прибавится к прежней полной энергии - и ничего больше не изменится. Как сохранялась энергия - так и будет сохраняться.
Upd. Внесена поправка по замечанию fred1996, см. ниже.