Почему если полагать заряды положительными, у автора в уравнении для шара

справа второе слагаемое с минусом:

, а в уравнении для шара

справа второе слагаемое с плюсом:

?
Во-первых, не "положительными", а "со своими знаками". Во-вторых:
Автор выбрал направление оси

направо. Посмотрите теперь на ваш рисунок, направления векторов сил у Вас там правильно нарисованы. Вы увидите тогда, что проекция силы притяжения, действующей на шар

у автора должна быть положительным числом, потому что направление этой силы совпадает с направлением

у автора (направо). Значит, в записи с модулями зарядов эта проеция у автора была бы

Для перехода к записи зарядов с их знаками подставьте здесь

(поскольку

и

(поскольку

Вот и получилось для шара

то, что у автора.
Аналогично получается и

для шара

у автора: эта проекция силы у автора является отрицательным числом, т.к. вектор этой силы направлен налево, т.е. против оси

у автора.
-- 09.06.2017, 16:41 --Ответ для массы

конечно, не должен зависеть от выбора направления осей координат, и от того, выражаем мы заряды через их модули или пишем со своими знаками. Он и не зависит. Если в ответе автора перейти к записи через модули зарядов (согласно тем же формулам

то получим:

А из ваших уравнений Ньютона получается:

Так ведь это то же самое. Если умножить числитель и знаменатель на

(значение

от этого не изменится), то получается полное совпадение.
(Оффтоп)