Внесу свои 5 копеек.
Никто не мешает сделать на флешке два (и более) раздеоов, первый из которых отформатировать в FAT и положить туда драйвера (с файлом автозапуска), а остальные в какую-нибудь неподдерживаемую систему. И тогда до установки драйверов будет виден лишь раздел с драйверами и всё, который может быть ещё и readonly (например сделать его не в FAT, а в CDFS).
Такие вещи раньше (не знаю как сейчас) практиковались для флешек с дополнительным функционалом типа парольной защиты, динамического изменения размера защищённого раздела или сжатия на лету и т.д., не всегда это делалось обычной запускаемой программой, иногда и собственными драйверами.
Ну про драйвера USB на отдельной дискете или CD вспоминать не будем, к счастью это уже история.
Ещё есть интересный эффект (с CD/DVD, про флешки не уверен) когда при вставке устройства и обращения к нему из уже запущенной системы виден один раздел (часто лишь с одним файлом readme.txt), а при
загрузке с данного устройства - виден уже другой раздел.
К счастью для флешек низшего и среднего ценового диапазона (без дополнительных наворотов) это всё давно неактуально, все нужные драйвера давно есть во всех доступных ОС. И даже если вдруг удалить драйвер, то его всегда можно восстановить из дистрибутива ОС, причём современные ОС хранят копию большинства необходимых драйверов в своей папке на винте и судорожный поиск диска с дистрибутивом ОС не понадобится.