Построение филогенетических деревьев

[Sicker]

Можно ли из сравнения ДНК получить укоренное филогенетическое дерево когда гипотеза молекулярных часов неверна?
Есть ли какой-нибудь параметр вроде информационное энтропии, или что-то типа того.
Как тогда строят фил. деревья с разной длиной веточек.

[Munin]

Такие деревья строят, когда листьев больше двух. Они попросту изображают метрику, расстояния между всеми листьями.

Например, пусть у нас есть три точки, и расстояния между ними 6, 6, 10. Тогда дерево будет нарисовано такое:

|-*
|-----*
|-----*

Если вы от каждого листа отсчитаете расстояние по ветке до точки ветвления, а потом до другого листа, то так вы и получите числа 6, 6, 10. (Заметим, что неравенство треугольника выполняется, иначе такое дерево нельзя было бы построить.)

[Sicker]

Ну это то понятно, а как отсюда время (т.е. количество мутаций от последнего общего предка) получить? Как корень дерева найти?

-- 05.03.2017, 17:03 --

Munin
Суть моего вопроса была про

Цитата:

укоренное филогенетическое дерево

))

[Munin]

А нету таких.

[Sicker]

Жалко, т.е. без гипотезы молекулярных часов не обойтись?
Т.е. если сравнить геном человека и шимпанзе, то в принципе могло бы быть что человек произошел от шимпанзе, или наоборот, и нет никакого необратимого параметра по времени?

[Munin]

Есть некоторые признаки. Например, если у одного животного есть только ген A, а у другого он продублировался, и после этого ещё проэволюционировал, и копии слегка разошлись, то есть мы наблюдаем пару генов A', B'. Тогда первое животное отображает "предковое состояние".

Но по другому гену может быть наоборот. Надо напомнить, что оба животных - современные, и из них никто не произошёл от другого, а оба они произошли от общего предка.

[Sicker]

Munin
Все таки можно)))
При условии что у нас общий ствол содержит как минимум 3 веточки.
Смысл заключается в том, что в первом приближении мутации для различных времен и видов не пересекаются, и если скажем для какого-то вида в каком-то месте стоит комбинация AGGTT, а у всех других CCCCC, что значит у этого вида произошла мутация, а первичной является CCCCC.

[Munin]

Sicker в сообщении #1198166 писал(а):

Смысл заключается в том, что в первом приближении мутации для различных времен и видов не пересекаются

Это в первом приближении.

Для близких видов этот метод работает. Для более далёких, и для крупных таксонов, - уже нет.

[Sicker]

Munin
Увы, нельзя даже укоренное при моем предположении... Зато идеально неукоренное, которое вы и рассмотрели)

[arseniiv]

Укоренённое же.

[Munin]

(Оффтоп)

Может, он имел в виду укуренное?