Чтобы увидеть различие в длинах связи, ядра должны прийти (отрелаксировать) к равновесному положению, отвечающему "расположению электронов", задаваемым одной из формул Кекуле. Для этого необходимо, чтобы электроны жили в этой конфигурации достаточно большое количество времени для этого процесса релаксации.
Но, электроны двигаются очень быстро, существенно быстрее ядер, в результате 2 конфигурации, отвечающие разным формулам Кекуле, переходят друг в друга оооочень быстро.
Поэтому ядра не видят, что есть 2 разные конфигурации вокруг них, и длины связей "уравновешиваются".
Электроны не бегают по конфигурациям, задаваемым формулами Кекуле. Длины связей были бы одинаковыми, даже если бы массы ядер были меньшими.