Вопрос о зависимых и независимых переменных появился из следующего.

Пусть

. Тогда

,

,

. Тогда

и т. д..
Короче говоря. Ошибка в том, что отношение дифференциалов

- это не всегда вторая производная

по

, а только в том случае, когда

есть однозначная функция от

, а

- независимая переменная.
Поэтому, если у нас есть функция

(а не независимая переменная

), то мы не можем так просто без обоснования записать

.
Путаница возникает из-за того, что с первой производной всё проще:

- это всегда производная

по

(полная), хоть

- зависимая переменная, хоть независимая. Просто так получилось; но и это не очевидно, а доказывается в соответствующей теореме (инвариантность формы первого дифференциала).
А не очевидно это вот почему. Вы спрашиваете:
Что значит "независимая"? Всегда же можно написать

и сделать

"зависимой".
Но выражение

означает совсем разные вещи в этих двух случаях.
Если

- независимая переменная, то по определению

- просто приращение этой переменной.
(Иногда это "выводят" из некоторых доводов, но в принципе это всё равно вопрос соглашения.)
Если же

и независимой является переменная

, то

и

.
То есть в этих случаях дифференциалы просто определяются по-разному и обозначают разные вещи. Стоит ли удивляться, что и какие-то выражения с дифференциалами получаются отличающимися друг от друга?