Относительно чего брать скорость?
Можете взять относительно чего угодно.
они покоятся относительно друг друга и между ними есть только электростатическое взаимодействие.
Совершенно верно.
А в другой СО они движутся, и вокруг них есть магнитные поля. При этом магнитное поле каждого движущегося заряда действует на соседний движущийся заряд - и возникает сила Лоренца, стремящаяся сблизить заряды. Это Вы хотите сказать?
Это тоже верно. Только нужно учесть, что в этой СО электрическое поле сильнее, чем в той, где заряды покоились. Так что сила Лоренца лишь компенсирует возрастание кулоновой силы, а суммарная сила взаимодействия зарядов остаётся прежней.
Но если взять два полых цилиндра (из изолятора) с вакуумом с электродами на концах и пустить через них одинаковый ток, то они будут притягиваться. Или не будут?
Не путайте электрический ток, текущий по проводу, с движением изолированных зарядов. Электрический провод при любой силе тока через него сам остаётся электрически нейтрален. Огромная разница со случаем изолированных зарядов.