2014 dxdy logo

Научный форум dxdy

Математика, Физика, Computer Science, Machine Learning, LaTeX, Механика и Техника, Химия,
Биология и Медицина, Экономика и Финансовая Математика, Гуманитарные науки




Начать новую тему Ответить на тему
 
 Компиляция на СК «Ломоносов»
Сообщение20.06.2016, 09:03 
Аватара пользователя


20/06/14
236
Здравствуйте, возможно кто-то знаком с «Ломоносовым». Я компилирую квантовой-химический пакет NWChem 6.6, для распараллеливания и оптимизации — Intel MPI, MKL, OpenMP, а в дальнейшем и CUDA. Со справкой по подобного рода вещам проблемы значительные. Мне хотелось бы найти быстрое решение и заниматься химией, а не разбираться с Environment Modules и Slurm.

Самостоятельно мне удалось откомпилировать с MKL, но без MPI, пакет запускается, но работать отказывается из-за отсутствия MPI.

Используется синтаксис Bash
export NWCHEM_TOP=~/_scratch/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES="all"

export USE_MPI=n
export BLASOPT="-mkl"

cd $NWCHEM_TOP/src
make clean #для удаления файлов предыдущей компиляции
make nwchem_config
make FC=ifort CC=icc CXX=icpc #будет уточнено далее
 


В чём проблема: для установки пакета необходимо использовать одновременно три компилятора (C, C++, Fortran 90). При непосредственной подгрузке необходимых модулей (intel/15.0.090, impi/5.0.1-ofa, mkl/11.2.0 и slurm/15.08 до кучи) компиляции не происходит — километры логов я не прикладываю (очень беглый просмотр выявил, что компилятор на находит MPI, внимательный просмотр — на десерт). Скрипты администрации для компиляции позволяют использовать единовременно только один компилятор.

Цитата:
Для компиляции параллельных программ используйте команды: mpicc, mpicxx, mpif77, mpif90 для программ на Си, С++, фортране и фортране-90 соответственно.
Источник


При попытке запуска моего скрипта с помощью скрипта администрации для запуска Intel MPI приложений impi (я надеюсь, что MPI подгрузиться и компиляция произойдёт, возможно это неверно, поэтому я и спрашиваю) — меня ставят в очередь и ничего не происходит. Прямо сейчас «Ломоносов» завис (работает только очередь test), я стою с компиляцией (impi) в какой-то из зависших очередей и не знаю чем это закончится, возможно и проблемы не будет. Однако, всё же надеюсь на вашу помощь.

Используется синтаксис Bash
export NWCHEM_TOP=~/_scratch/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES="all"

export USE_MPI=y
#LIBMPI="-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi"
export BLASOPT="-mkl"

cd $NWCHEM_TOP/src
make clean
make nwchem_config

make FC=ifort CC=icc CXX=icpc


По принципу бритвы Оккамы постулируется презумпция совместимости всего со всем, соответсвенно проблема лишь в том, как заставить всё заработать, тем более, что откомпилировать пакет уже удавалось успешно на других машинах.

Уважаемый админ, извините! не разобрался где спрашивать.

 Профиль  
                  
 
 Re: Компиляция на СК «Ломоносов»
Сообщение20.06.2016, 23:37 
Аватара пользователя


21/08/12

37
Может на другой машине и компилировать. Суперкомпьютеры вообще-то строят не чтобы на них компилировали.

 Профиль  
                  
 
 Re: Компиляция на СК «Ломоносов»
Сообщение21.06.2016, 00:27 
Аватара пользователя


20/06/14
236
Спасибо за информацию

 Профиль  
                  
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 3 ] 

Модераторы: Karan, Toucan, PAV, maxal, Супермодераторы



Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group