Здравствуйте, возможно кто-то знаком с «Ломоносовым». Я
компилирую квантовой-химический пакет
NWChem 6.6, для распараллеливания и оптимизации — Intel MPI, MKL, OpenMP, а в дальнейшем и CUDA. Со справкой по подобного рода вещам проблемы значительные. Мне хотелось бы найти быстрое решение и заниматься химией, а не разбираться с
Environment Modules и
Slurm.
Самостоятельно мне удалось откомпилировать с MKL, но без MPI, пакет запускается, но работать отказывается из-за отсутствия MPI.
export NWCHEM_TOP=~/_scratch/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES="all"
export USE_MPI=n
export BLASOPT="-mkl"
cd $NWCHEM_TOP/src
make clean #для удаления файлов предыдущей компиляции
make nwchem_config
make FC=ifort CC=icc CXX=icpc #будет уточнено далее
В чём проблема: для установки пакета необходимо использовать одновременно три компилятора (C, C++, Fortran 90). При непосредственной подгрузке необходимых модулей (
intel/15.0.090,
impi/5.0.1-ofa,
mkl/11.2.0 и
slurm/15.08 до кучи) компиляции не происходит — километры логов я не прикладываю (очень беглый просмотр выявил, что компилятор на находит MPI, внимательный просмотр — на десерт). Скрипты администрации для компиляции позволяют использовать единовременно только один компилятор.
Цитата:
Для компиляции параллельных программ используйте команды: mpicc, mpicxx, mpif77, mpif90 для программ на Си, С++, фортране и фортране-90 соответственно.
ИсточникПри попытке запуска
моего скрипта с помощью
скрипта администрации для
запуска Intel MPI приложений
impi (я надеюсь, что MPI подгрузиться и компиляция произойдёт, возможно это неверно, поэтому я и спрашиваю) — меня ставят в очередь и ничего не происходит. Прямо сейчас «Ломоносов» завис (работает только очередь
test), я стою с компиляцией (
impi) в какой-то из зависших очередей и не знаю чем это закончится, возможно и проблемы не будет. Однако, всё же надеюсь на вашу помощь.
export NWCHEM_TOP=~/_scratch/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES="all"
export USE_MPI=y
#LIBMPI="-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi"
export BLASOPT="-mkl"
cd $NWCHEM_TOP/src
make clean
make nwchem_config
make FC=ifort CC=icc CXX=icpc
По принципу бритвы Оккамы постулируется презумпция совместимости всего со всем, соответсвенно проблема лишь в том, как заставить всё заработать, тем более, что откомпилировать пакет уже удавалось успешно на других машинах.
Уважаемый админ, извините! не разобрался где спрашивать.
