Но почему так происходит?
Это чисто техническая условность. Назовём конденсатором вот такую штуку с равными зарядами, вот и всё.
На практике, это обусловлено тем, что конденсатор очень удобно зарядить таким способом в электрической цепи постоянного тока. А вот придать его обкладкам неравные заряды - это уже труднее.
И при рассмотрении этой темы никак не запрещают существование во вселенной двух тел, заряженных разными по модулю зарядами.
Вообще говоря, это запрещается другими законами физики, которые в школе не проходят.
Допустим, Вселенная замкнута (как сфера). Но из двух тел с общим ненулевым зарядом должны выходить какие-то линии электрического поля. А обратно войти-то им некуда! Поэтому, если Вселенная замкнута, то её суммарный заряд нулевой. Это теорема.
Тогда эти тела, по идее, образуют конденсатор с разными зарядами на обкладках.
Каким же тогда будет заряд этого конденсатора?
Тогда просто не будут говорить про "заряд конденсатора", а будут говорить про "заряд одной обкладки", "заряд другой обкладки", "суммарный заряд конденсатора", "разность заряда на обкладках".
Удобно такой конденсатор представить себе как сумму обычного заряженного конденсатора, и равного заряда на обкладках одного знака.