Однако, в течении миллиардов лет, прошедших после конденсации пыли в планеты, имеется много шансов, что были периоды, когда это расстояние было гораздо меньше существующего сейчас, из-за хаотичного блуждания звезд, в общем.
И на основании чего вы делаете вывод, что "имеется много шансов"? Расчёты, оценки?
Вообще-то оценить это легко: Солнце движется примерно в одной и той же области Галактики на протяжении всего своего существования, и можно просто посмотреть расстояния между звёздами в этой области. Они везде световые годы. То, что вы описываете, нереалистично.
Хотя какие-то случаи близкого прохождения могли быть. Но они оцениваются по теории вероятностей, и тут не надо размахивать руками и разводить облака, а надо сесть и посчитать.
Видимо, случавшиеся проходы были недостаточно близко, что бы исказить орбиты близлежащих планет (Нептун и внутри его орбиты), но "раскидать" более дальние - получилось.
Одно дело выкинуть планету - она при этом либо вылетит из системы вообще, либо поднимется на высокий эксцентриситет, - и совсем другое дело - поднять планету. В первом случае перигелий остаётся во внутренней части Солнечной системы, а во втором - поднимается в недоступные выси (далёкое занептунье). Именно для второго имеются сложности с механизмом, и проход звезды тут не поможет - это одноразовое воздействие. Тут нужно какое-то медленно действующее, систематическое воздействие, "вековая поправка", которое в конечном счёте приведёт к миграции орбиты.