Хотя подавляющее большинство с матфака ВШЭ или мехмата МГУ.
Вот это и учитывайте при наведении любых статистик. Я не знаю, чему учат в МГУ и чему - в НМУ, но НМУ сам говорит в вышеприведенной цитате, что дает дополнительное образование для студентов-математиков. Т.е., по идее, должно быть так: в базовом вузе научили тому, что должен знать каждый математик, а в НМУ - чему-то дополнительно к этому. Тогда в нормальном случае человек и будет знать больше, чем закончивший только базовый вуз. Так что сравнить результаты
"МГУ + НМУ vs МГУ" или "ВШЭ + НМУ vs МГУ", конечно, можно, но для Вашей цели (выбор между МГУ и ВШЭ) это ничего не даст. Надо сравнивать "МГУ vs ВШЭ" или уж "МГУ + НМУ vs ВШЭ + НМУ". И то, последнее сравнение имеет смысл, только если Вы сами собираетесь учиться и в НМУ тоже, иначе про НМУ лучше вообще забыть, потому что обучение в НМУ может влиять на выпускников МГУ не так, как на выпускников ВШЭ.
Впрочем, Вы пока ничего не сравнили, никакой статистики не навели, а уже делаете заявления.