я прочитал и посмотрел примеры, что матрицы это трансформации (линейные преобразования)
почему в статистике можно взять таблицу и работать с ней как с матрицей (корреляционной или ковариационной матрицу)?
ведь таблицу можно переупорядочить по-разному, и вообще в нее никто не закладывал смысл кучи преобразований
У матрицы много разных смыслов. Они могут быть линейными преобразованиями. Они могут быть квадратичными формами. Они могут быть системами векторов. Они могут быть системами уравнений. И ещё куча разных.
Вы спрашиваете, почему один смысл не совпадает с другим смыслом. Ну вот не совпадает. Никто не обещал, что они будут совпадать.