Ответ зависит от состава среды и от условий содержания (например, аэробные/анаэробные). Но то, что губит бактерию, это обычно низкомолекулярные соединения. Вот упрощённая схема глюкозного анаэробного метаболизма кишечной палочки

Как видно, в данном случае продуктами метаболизма являются молочная кислота, муравьиная кислота, уксусная кислота, этиловый спирт и

(на схеме почему-то не показан). Зачем-то на этой схеме ещё особо выделили пируват и сукцинат. Тут я прокомментировать не могу.
Вот ещё вариант, более полная картина:

Это картинка из статьи, и тут для нужд статьи выделен пируват, а муравьиная кислота не подписана.
Эти метаболиты токсичны потому, что они смещают равновесия ферментативных реакций в обратную сторону, запирая, в конце концов, метаболизм.
-- Пн май 25, 2015 04:47:25 --Добавлю. Никаких специальных токсинов кишечная палочка не генерирует (в отличие, например, от сенной палочки).