2014 dxdy logo

Научный форум dxdy

Математика, Физика, Computer Science, LaTeX, Механика и Техника, Химия,
Биология и Медицина, Экономика и Финансовая Математика, Гуманитарные науки





Начать новую тему Ответить на тему На страницу Пред.  1 ... 6, 7, 8, 9, 10  След.
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 16:17 
Заблокирован
Аватара пользователя


03/03/10

4558
Munin в сообщении #375407 писал(а):
Простите, я не путаю. Речь об изменении именно (1). Биохимия тоже неслабо эволюционировала, сами реакции.

Munin в сообщении #375327 писал(а):
на несколько порядков, до десяти где-то, точнее не скажу

Я тогда теряюсь. Ну берем энергию связи C-C (дает характерный порядок, можете выбрать чуть более емкую, но не более чем в разы, а не на порядок): $348\,{\rm kJ/mol}$, что дает $3.6\,{\rm eV}$. Десять порядков это $1/100\,{\rm TeV}$ - что-то даже круче обычного ядерного топлива.
Munin в сообщении #375407 писал(а):
Вы же говорите, фанаты как раз указывают на их наличие.

Где я такое говорил? Обратите внимание, я исправил последнее сообщение вот здесь.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 17:06 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
61271
myhand в сообщении #375429 писал(а):
Я тогда теряюсь.

Это вы потерялись, взяв разные части моего высказывания. Ещё раз: я говорил о разных шкалах. По одним сдвиг произошёл на многие порядки, по другим нет. Когда я говорил про шкалу пространственных размеров, я говорил о сдвиге на многие порядки. Когда я говорил про шкалу энергий, я говорил о сдвиге в десятки раз. Надеюсь, misunderstanding исчерпан.

P. S. И ещё, на всякий случай, сдвиг по шкале энергий произошёл в меньшую сторону. То есть не умножать надо, а делить. Ранняя биохимия имела дело с энергией УФ-кванта как целым, или делила её на две-три части. Поздняя биохимия растаскивает сравнимую энергию на десятки маленьких кусочков, которые потом используются для множества потребностей.

myhand в сообщении #375429 писал(а):
Где я такое говорил?

Значит, я вас не так понял.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 17:44 
Заблокирован
Аватара пользователя


03/03/10

4558
Munin в сообщении #375454 писал(а):
Когда я говорил про шкалу пространственных размеров, я говорил о сдвиге на многие порядки.
Здесь, наверно есть доля истины. В том смысле, что функционально связанная цепочка реакций происходит в больших масштабах (пространственных и временных). Ну, не знаю - транспорт дыхательных газов гемоглобином, например.

Munin в сообщении #375454 писал(а):
Когда я говорил про шкалу энергий, я говорил о сдвиге в десятки раз. Надеюсь, misunderstanding исчерпан.

Да где тут и десятки раз? В разы - еще куда ни шло. И то - сомнительно, см. ниже.

Munin в сообщении #375454 писал(а):
P. S. И ещё, на всякий случай, сдвиг по шкале энергий произошёл в меньшую сторону. То есть не умножать надо, а делить. Ранняя биохимия имела дело с энергией УФ-кванта как целым, или делила её на две-три части.

Не видно и существенного сдвига "в меньшую сторону". Я выбрал для примера не самую сильную связь. Выходит все равно порядка 0.1-1eV. Причем я бы не стал утверждать, что ранняя биохимия не использовала такие слабые связи.

(Оффтоп)

А зачем делит сейчас кванты - ну, наверно так экономичнее выходит. Ежели резать более крупными кусками или даже целиком - далее выкидывать большую часть энергии придется, что "не вошла" в нужные химические порции и КПД будет меньше. Поправьте, если не так.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 18:26 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
61271

(Оффтоп)

В таком тоне это обсуждение вырождается. Пока мы делимся друг с другом интересными вещами, вычитанными в популярных публикациях, это одно, когда начинаем предъявлять аргументы "а я не верю, докажи", сразу всплывает, что ни тот ни другой специалистом не является. Лично я даже коллекции ссылок на прочитанные материалы не веду. Могу сказать только "мамой клянус", что всё это где-то вычитал. Про пространственные масштабы - кажется, где-то на "Элементах", про биохимию - кажется, в учебнике биохимии Кольмана-Рёма, красочном таком, с картинками. Про время жизни бактерий и секвой - вообще где-то на Википедии, если не у Еськова.


Насчёт связей - собственно, в биохимии как раз энергию связи умудряются уменьшать, точнее, уменьшают энергию акта образования этой связи. Она аккуратно передаётся "из рук в руки" молекуле катализатора или от неё (и потом идёт дальше), и реакция в целом получается не экзотермической или эндотермической, а близкой к нулевому балансу. Чем крупнее и навороченнее катализатор, то есть белково-коферментный комплекс, тем ближе к нулевому балансу он может подобраться. И эволюционный прогресс идёт именно в направлении усложнения и укрупнения этих катализаторов.

(Оффтоп)

Вот этот последний абзац - уже в некоторой степени через призму моего восприятия, а не вычитан где-то в таком готовом виде целиком.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 20:26 
Заблокирован
Аватара пользователя


03/03/10

4558
Munin в сообщении #375496 писал(а):
Про пространственные масштабы

Ну хоть я правильно Вас понимаю - речь например идет о цепочке сложных взаимосвязанных реакций. Чувствую, мой пример с переносом дыхательных газов в многоклеточном организме - чуть даже "мелкомасштабный". Вы рассматриваете целиком организмы: их пространственные масштабы, характерные времена жизни.

Я ведь о других временах, размерах, энергиях изначально вел речь. О тех, что характерных для элементарных биохимических реакций. Там вряд-ли что-то сильно в порядках характерных энергий и т.п.
Munin в сообщении #375496 писал(а):
Насчёт связей - собственно, в биохимии как раз энергию связи умудряются уменьшать, точнее, уменьшают энергию акта образования этой связи. Она аккуратно передаётся "из рук в руки" молекуле катализатора или от неё (и потом идёт дальше), и реакция в целом получается не экзотермической или эндотермической, а близкой к нулевому балансу.

Ну так это "баланс". А в промежутке могут быть много плюсов и минусов весьма немалого размера (те же 0.1-1 eV). Наверно самые небольшие энергии - это что-то типа водородных связей (это $\sim 10\,{\rm kJ/mol}=0.1\,{\rm eV}$). Или каких-нибудь еще, связанные с небольшими структурными перестройками сложных молекул.

Я не сумел найти примеров, которые не укладываются в указанный ранее диапазон, хотя вполне возможно - такие и есть. Насколько все это связано со сложностью молекул - тоже неоднозначно (скорее всего были и у простейших организмов), но наверно некоторый отмеченный Вами тренд таки есть (чем сложнее полимер - тем легче придумать всякие "конформационные" перестройки, которые приводят к не слижком уж большим изменениям энергии, по сравнению с ковалентными связями или даже водородными). Нижняя граница тут тоже есть: тепловая энергия при комнатной температуре $\sim 1/40\,{\rm eV}$. Не разгуляешься.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 21:02 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
61271
myhand в сообщении #375563 писал(а):
Ну хоть я правильно Вас понимаю - речь например идет о цепочке сложных взаимосвязанных реакций.

(Оффтоп)

Биологи словей таких сложных не знают, что язык сломать можно :-)
Там всё проще: речь идёт о размере организмов. Организм для биологов - хорошо определённая сущность, а что уж в нём взаимосвязано - это пущай педанты разбираются. Оказывается, были два скачка масштабов, один - в связи с возникновением эукариот, другой - в связи с возникновением многоклеточных, оба скачка примерно сравнимы по величине.

myhand в сообщении #375563 писал(а):
Я ведь о других временах, размерах, энергиях изначально вел речь. О тех, что характерных для элементарных биохимических реакций. Там вряд-ли что-то сильно в порядках характерных энергий и т.п.

Ещё раз. Я ничего не произносил, одновременно включающее в себя "порядки" и "энергия". Чем мне заслужить теперь хотя бы внимательного прочтения моей первоначальной формулировки? :-(

Насчёт размеров элементарной реакции - надеюсь вы не шутите, потому что размер реакции всегда один и тот же: один атом.

myhand в сообщении #375563 писал(а):
Ну так это "баланс". А в промежутке могут быть много плюсов и минусов весьма немалого размера (те же 0.1-1 eV).

Не-а. Как раз никаких плюсов и минусов нет. Качели тихонечко качаются, чтобы не раздербанить всё вокруг. Биохимическая реакция подобна стыковке космических аппаратов: на низкой скорости, под тщательным контролем. Зажали в щипцы одну штучку, другую штучку, поднесли, совместили, щипцы аккуратненько сняли.

Вы не смотр́ите на энергии связей, вы смотр́ите на энергии реакций, и их шагов.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 21:34 


21/07/08
589
Цитата:
И эволюционный прогресс идёт именно в направлении усложнения и укрупнения этих катализаторов.

Не верно. Множество ферментов имеют несколько субединиц, фрагментация катализатора - налицо.
И из этого есть "большая выгода", не нужно обеспечивать условия правильного фолдинга для длинной полипептидной цепи, если можно добиться желаемого собрав, с помощью ББВ, фермент из нескольких субединиц, т.е. вероятность неправильной сборки - меньше + регулировка.
ИМХО с начала нужно разобраться с ИНФОРМАЦИЕЙ, и написать спецкурс для биологов, а уж потом и биологи помогут разобраться с ЭВОЛЮЦИЕЙ.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 21:39 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
61271
Vladimirkox в сообщении #375610 писал(а):
Не верно. Множество ферментов имеют несколько субединиц, фрагментация катализатора - налицо.

Тут имеет место не фрагментация, а напротив, использование конструкции из нескольких блоков, в то время как каталитическими свойствами обладает и один из них, взятый по отдельности. Кроме того, и субъединицы могут быть "упрощены", оставаясь катализаторами. Собственно, даже коферментный фактор сам по себе часто катализатор нужной реакции.

Подчеркну: не столь же хорошими катализаторами.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 22:00 
Модератор
Аватара пользователя


07/03/09
536
 !  age, Munin, myhand, 2w_ink, Шимпанзе, Vladimirkox - прекратите оффтоп.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 22:08 
Заблокирован
Аватара пользователя


03/03/10

4558
Munin в сообщении #375590 писал(а):
Ещё раз. Я ничего не произносил, одновременно включающее в себя "порядки" и "энергия". Чем мне заслужить теперь хотя бы внимательного прочтения моей первоначальной формулировки? :-(

Я произносил. Некоторый сыр-бор образовался именно по моей вине - я заговорил о порядках величин энергии в типичных биохимических реакциях, не уточнив что речь идет о самых элементарных процессах: вот рвется ковалентная связь, вот тут образуется водородная связь... Вовсе не о чем-то типа физиологии организмов в целом.

(Оффтоп)

И, кроме того, Вы говорили:
Munin в сообщении #375407 писал(а):
Простите, я не путаю. Речь об изменении именно (1). Биохимия тоже неслабо эволюционировала, сами реакции.

Munin в сообщении #375590 писал(а):
Насчёт размеров элементарной реакции - надеюсь вы не шутите, потому что размер реакции всегда один и тот же: один атом.

Хм, с чего вдруг? Запросто могут быть и два и вообще - достаточно сложные "куски" молекул. Зависит от реакции.
Munin в сообщении #375590 писал(а):
Качели тихонечко качаются, чтобы не раздербанить всё вокруг. Биохимическая реакция подобна стыковке космических аппаратов: на низкой скорости, под тщательным контролем. Зажали в щипцы одну штучку, другую штучку, поднесли, совместили, щипцы аккуратненько сняли.

О - нет! Все жутко дрожит и качается, о какой-то "стыковке" точнее чем до энергий порядка тепловой - и речи нет. А она не сильно ниже 0.1eV при комнатных условиях.

korona в сообщении #375626 писал(а):
age, Munin, myhand, 2w_ink, Шимпанзе, Vladimirkox - прекратите оффтоп.

(Оффтоп)

Мне не удобно спрашивать в отношении себя, но в чем конкретно оффтоп со стороны Munin? Тема об абиогенезе (вне зависимости от того, что написал автор в заголовке темы - его первое сообщение вовсе не о "проблеме эволюции"). За исключением его ответов 2w_ink, Шимпанзе, age (оформленных, как правило, действительно в за тегом оффтопика) - его реплики вполне в русле темы.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 22:26 


21/07/08
589
Цитата:
Тут имеет место не фрагментация, а напротив, использование конструкции из нескольких блоков, в то время как каталитическими свойствами обладает и один из них, взятый по отдельности.
Всё - правильно, с точки зрения структурной биологии.
Но с точки зрения системной биологии - функция становится сложной, т.е. требует для своего описания большего числа уравнений, для включения в систему.
Следовательно, нужно разбираться - в каких случаях субъединичные изоферменты вытесняют изоферменты с одной полипептидной цепью.

Кстати, синезеленые водоросли и актиномицеты - многоклеточные прокариоты.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение15.11.2010, 23:17 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
61271

(korona)

И чего мне делать? Отвечать myhand в личном сообщении? Заводить новую тему? Извините, порекомендуйте что-нибудь, и ещё одна просьба: определите явной формулировкой, что, по вашему мнению, в этой теме является офтопиком, а что нет?

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение17.11.2010, 09:02 
Экс-модератор


12/07/07
2831
Донецк, Украина
 i  Поскольку тема имеет дискуссионный характер, она перемещена из раздела «БиМ» в «Дт (Мд)». Злостными отступлением от темы были сообщения Age, Шимпанзе и ответы на них. Прошу в дальнейшем игнорировать злостные отступление от темы и призываю для обращения внимания модератора использовать ЛС, а в экстренных случаях — кнопку (!). Модератор (GAA) не реже раза в день просматривает форум и постарается принять меры. Если действия модератора вам кажутся неправильными или замечание (предупреждение) неясным, пожалуйста, свяжитесь с ним посредством ЛС.

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение17.11.2010, 21:55 
Экс-модератор


12/07/07
2831
Донецк, Украина
Отвечу за korona: пожалуйста, продолжайте обсуждение в этой теме.
(Это сообщение через некоторое время будет соединено с предыдущим.)

 Профиль  
                  
 
 Re: проблема эволюции
Сообщение18.11.2010, 18:24 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
61271
myhand в сообщении #375632 писал(а):
Хм, с чего вдруг? Запросто могут быть и два и вообще - достаточно сложные "куски" молекул. Зависит от реакции.

Я, видимо, зря не уточнил. Я опираюсь на определение реакции из некоего учебника оргхимии, читанного ещё в студенческие годы, где внимание акцентировалось на элементарном акте возникновения, разрыва или перегруппировки связей. В таком смысле реакции, затрагивающие более 4 атомов (при циклической перегруппировке $\mathbf{A}{-}\mathbf{B}+\mathbf{C}{-}\mathbf{D}\mathrel{\to}\mathbf{A}{-}\mathbf{C}+\mathbf{B}{-}\mathbf{D}$), бывают, но крайне редки.

Насчёт энергий. Я не очень помню в электрон-вольтах, но в кельвинах - тепловые энергии как нижний предел энергий биохимических реакций (кстати, за счёт кинетики и разности концетраций можно преодолеть и этот предел, но я не буду в это лезть) оценочно 300 К, а энергии фотонов видимого света как начальная точка (если считать, что биохим. циклы, хотя бы некоторые, развивались из утилизации / нейтрализации удара отдельного фотона по некоторой молекуле, например, пигменту) оценочно 6000 К. Я вижу здесь разницу на порядок, о чём и говорил.

-- 18.11.2010 18:26:51 --

Vladimirkox в сообщении #375651 писал(а):
Но с точки зрения системной биологии - функция становится сложной, т.е. требует для своего описания большего числа уравнений, для включения в систему.

Мне казалось, что чем сложнее фермент, тем он, как катализатор, специфичнее. Это не так?

 Профиль  
                  
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 146 ]  На страницу Пред.  1 ... 6, 7, 8, 9, 10  След.

Модераторы: Jnrty, Модераторы, Супермодераторы



Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group