Мыло -  мочало, на всё уже отвечено:
Полный цикл работы цилиндра включает четыре такта на два оборота коленвала, по одному циклу на 180°. Если оставить один цилиндр, то двигатель даже не заведётся, его одного рабочего цикла просто не хватит чтоб дважды прокрутить коленвал.
Два последних слова "цикл" поменяйте на "такт", так вернее.
 Я так понял вы хотите сказать следующее: при рабочем ходе поршня  ( смесь воспламеняется  и толкает поршень вниз - так по-простому если сказать) происходит некоторое приращение кинетической энергии вращения маховика в сторону увеличения. Приращенной энергии при последующих  тактах (выхлоп  ,  впуск и сжатие) будет недостаточно  и его частота (маховика) уменьшится еще  до меньшей частоты  чем было  до приращения  от предыдущего   рабочего хода. Энергия тратится на силы трения в узлах , в приводах масляного насоса , в системе охлаждения и т.д. И самое главное теряется на ходе  нерабочих поршней (компрессорный  эффект - воздух  качают  туда-сюда через свечные отверстия).  Верно?
 Но я ведь поршня убираю, и остается только один…    
С балансировкой ничего не случится, т.к. коленчатый вал балансируется как самостоятельная деталь, и двигающиеся возвратно поступательно шатуны и их количество на неё не влияют.
 Мы походу по- разному понимаем процесс балансировки коленчатых валов. 
 Вы говорите о балансировке валов  рядных двигателей с симметричными валами(зеркальными). В определенных условиях например при высокой точности одинаковости веса пары поршень шатун и всеми детальками на нем  с остальными парами  коленвал  балансируется сам без каких либо дополнительных элементов.
 А для V- образных
Цитата:
Отдельно следует сказать о балансировке V-образных и других несимметричных коленчатых валов. Среди них — и валы рядных двигателей с нечетным количеством цилиндров.При установке такого вала без выполнения определенных правил на балансировочный станок мощная моментная составляющая сорвет его с опор при первых же оборотах. Дело в том, что масса противовесов у таких валов "привязана" к массе шатунно-поршневой группы. Поэтому на шатунные шейки надо установить втулки-компенсаторы определенной (с точностью до 1 г) массы. Эти параметры могут быть приведены в технической документации на двигатель или рассчитываются по специальной методике. К сожалению, для импортных коленвалов их можно только рассчитать. Поэтому, если балансировка российских V-образных валов, для которых масса втулок известна (ГАЗ-53, ЗИЛ-130, МАЗ, КАМАЗ, ЗАЗ) является процессом, представляющим определённую сложность, но отработанным, то балансировка иномарки плотно усадит инженера-балансировщика за расчёты.
Если вы оставляете шатуны с поршнями, то балансировка конечно не страдает. Но неравномерность в работе все равно появляется, кроме того мощность уменьшается, а трение в цилиндрах то же самое, т.е. к.п.д. падает. Насколько - сказать трудно.
Как я понимаю установив вместо шатунов на шатунные шейки  втулки компенсаторы(из справочных данных)    я могу частично убрать  дисбаланс ?