Из неотрицательной матрицы (т. е. самосопряженной с неотрицательными собственными числами) есть естественно определенный квадратный корень (это единственная неотрицательная матрица, дающая в квадрате исходную).
Оно-то конечно. Только это совсем в другом смысле корень. В этом смысле он действительно единственен. А вот в методе Холецкого в вырожденном случае возникает принципиальная неоднозначность типа возникновения уравнений вида

. Т.е. гораздо более грубая неоднозначность, чем
Так о какой же единственности в разложении Холецкого при этом можно говорить?
А её и нет, естественно. Ясно, что разложение

всегда можно заменить на

, где

, где, в свою очередь,

-- диагональная матрица с плюс-минус единичками на диагонали. Но к этому весь произвол и сводится, если матрица строго положительна (в комплексном случае он чуток расширяется, но непринципиально). Поэтому в методе Холецкого по определению диагональные элементы треугольной матрицы берутся положительными -- и тогда разложение единственно.
комплексными (из-за наличия демпфирования и потерь на излучение звука), симметричными (именно симметричными, а не сопряженными).
Вам, конечно, виднее; но мне в это очень трудно поверить. Дело в том, что эрмитовость -- понятие идейное, и если возникает, то возникает по каким-то принципиальным физическим соображениям. А вот по каким причинам могут возникать
симметричные комплексные матрицы -- совершенная загадка: от них ровно ничего ни уму, ни сердцу.