Согласно Закону отрицания идентичности все атомы разные.
Согласно опыту и теории - нет.   Указанного Вами принципа - тоже нет.  В науке.
Просто мы этого не способны заметить.
Вообще-то - способны.  К примеру, Вы - не проваливаетесь в тар-тарары - только потому, что работает принцип Паули и электроны в атомах совершенно идентичны.
Так что - не обобщайте свои "способности" ;)
Но на том изображении почти ничего не видно.
Скажем так, в науке пользуются и другими "изображениями" - формулами, графиками, расчетами, диаграммами.  Там "все видно" - только это требует обучения и труда.
Спроектировать ручками бактерию, которая окажется способной выжить в современном микромире биосферы наверняка невероятно сложно.
Почему?  Собственно, уже - тут выше упоминались эксперименты.  Думаю, участвующие в них бактерии вполне способны выжить в "современном микромире".