Алина:)Locator - для двумерных задач, поэтому
ParametricPlot, а не ParametricPlot3D
Код:
Manipulate[
sol = NDSolve[{x'[t] == 4 x[t] - 5/2 y[t] x[t],
y'[t] == -2 y[t] + 1 x[t] y[t], x[0] == p[[1]],
y[0] == p[[2]]}, {x[t], y[t]}, {t, 0, 50}];
ParametricPlot[Evaluate[{x[t], y[t]} /. sol], {t, 0, 1},
PlotRange -> {{0, 3}, {0, 3}}], {{p, {0, 0}}, Locator}]
p.s. посмотрите EquationTrekker