Так вот как надо?
Я пишу код на C. Тривиально - "int i; i:=5;". Допустим, я написал на Ассемблере MBR, который загружает com-файл в память с диска и передает на него выполнение. Так вот как мне откомпилировать такой com-файл из исходника на C?
Насчет .com файла не знаю в том смысле что это такое.
Для получения бинарного образа почитайте man ld - там всяческие ключики есть типа с какого смещения исполняей код размещать и тому подобное.
Разберитесь чего там для MBR требуется.
Другое дело что трудно представить для чего может поребоваться подобное "изобретение велосипеда".