Стояние это делание чего-то (в том числе -- ожидание в готовности что-то делать), а лежание -- ничегонеделанье.
Стоящие часы (в том числе сломанные) всё-таки стоят, а не лежат.
Вообще, мне кажется, разыскать здесь какую-то логику - пустая затея. Другой пример: можно пойти
в лес или
на поле, можно поехать
в город или
на хутор. Можно жить
в Крыму или
на Кавказе,
в Сибири или
на Урале, можно
в Литве или
на Украине (по-русски всё-таки "на Украине", хотя сейчас и рождается иная тенденция употребления предлога в данном случае, но нормой она пока не стала). Когда "в", когда "на" - сложилось, по-видимому, исторически, и никакой логики здесь не разыскать. Точно так же, мне кажется, бесполезно искать логику в "стоянии/сидении/лежании/висении" хоть одушевлённых, хоть неодушевлённых субъектов, хоть вообще нематериальных сущностей, типа компьютерных программ. Не только самолёт "садится" на брюхо, жук - тоже (пусть он и живой). Ну, говорят так - и говорят. Так уж сложилось.