Путаница возникает из-за того, что в уравнении гармонических колебаний возвратная сила пропорциональна смещению, но смещение не обязано быть малым.
Другое дело, что многие колебания лишь приблизительно гармоничны и становятся гармоничными, когда смещения малы и мы можем воспользоваться линеаризацией процесса. Например при колебаниях маятника (физического или математического). Но при этом эти смещения вовсе не являются дифференциалами, хоть и малы.
В дифференциальной форме уравнение гармонических колебаний груза на пружинке могло бы выглядеть так:

Но толку от такой записи немного. Хотя, видно, что смещение не является дифференциалом.