Я программу Asymptote точно устанавливал только один раз, а их в path было штук пять.
Очевидно, что другие копии того же пути были внесены при установке уже иного софта.
А разве это не страхует от непоправимых ошибок
Страхует, не беспокойтесь. И вообще, не парьтесь так сильно. Удалите хоть всё в PATH, система от этого не крякнется.
(О своём)
Посмотрел щас у себя, так там в PATH только пути для MinGW, однако, и больше ничего. При том, что обожаю постоянно устанавливать и сносить разновсяческую фигню.