Так, как и в случае прямой решетки, можем определять ячейку Вигнера-Зейца в обратной пространстве, и как я понимаю, это делается чтобы описать что происходит вокруг отдельного атома в кристалле
Нет. В обратном пространстве "близко" и "далеко" меняются по смыслу местами. То, что находится в одной ячейке в обратном пространстве - в прямом пространстве отвечает длинным волнам, имеющим длину больше периода решётки. Это - не то, что происходит вокруг отдельного атома, а наоборот, крупномасштабные явления, для которых отдельные атомы - слишком мелкие и незаметные. В пределе - волны масштаба всего кристалла.
Допустим имеем границентрированную прямую решетку.
ГранЕцентрированную. "Гране-центрированную".
Вопрос 1: Мы выбираем точки Г,K,X,L,U потому что объем заданная ими объем может заполнять всю ячейку В.З?
Не совсем. Конечно, целиком изобразить весь объём на одной прямой линии мы не можем. Но выбор этих точек позволяет посмотреть, что творится на линиях между этими точками. Посмотрите на подпись к графику слева: это

То есть, проведя в объёме эти линии, мы примерно представляем, а что творится во всём объёме. Особенно с учётом того, что графики идут довольно плавно, и мы можем представлять себе, что в остальных промежуточных точках они образуют "нечто среднее". (Конечно, реальные расчёты на компьютерах могут давать и точки внутри объёма, но как их визуализовать? Вопрос относится только к удобству изображения этих результатов на графике, для человеческого глаза.)
Вопрос 2: Что означают эти линии, физический смысл какой (Имеется ввиду что означает допустим минимум самой нижней линии в точке Г? и самая непонятная часть: что означает E(k) в физическом смысле?
И почему их несколько? Как я понимаю, до Е=0 эВ эти все линии валентной зоны? А дальше линии зоны проводимости? Что может означать пересечение линий?
Это всё линии уровней энергии. Они либо заполнены электронами (линии ниже

), либо пусты (выше), то есть - это линии, соответствующие энергетическим зонам валентной, проводимости, а там, где между ними перерыв - там запрещённая зона. Отсчитывать эти линии удобно от

и считать, что отдельные частицы, находящиеся выше этого уровня, - электроны (проводимости), а ниже - дырки.
Но на графике зон - на одномерном графике - указывается только энергия. А здесь указывается по сути два параметра: энергия - по вертикали, и волновой вектор (квазиимпульс) - по горизонтали. То есть, эти графики позволяют отвечать на вопрос, а какой квазиимпульс имеет электрон, имеющий такую-то энергию и находящийся на такой-то ветке (в такой-то энергетической зоне). Кроме того, можно выяснить, какая у этого электрона будет фазовая скорость (

), групповая скорость (

), эффективная масса (

). Там, где линия выпукла вверх, эффективная масса отрицательна, и положительной становится соответствующая дырочная эффективная масса.
Называются эти линии дисперсионными графиками (зависимостями, соотношениями), ветвями, и т. п.
Пересечение линий означает их вырождение в какой-то точке - или как здесь, даже больше чем в точке (на протяжении всех отрезков

двукратно вырождена третья снизу ветка, что можно увидеть по тому, что на отрезках

она всё-таки расщепляется).