Как они вообще могут по отдельности иметь энергию?
Ну так это нужно правильно понимать, смотреть, в каком контексте говорится об энергии одного фермиона в системе. Может речь о том, что состояние описывается как какая-то комбинация более простых состояний с определённой энергией, может о чём-то другом. Ну а на практике, понятно, измеряется разность энергий, а не абсолютная величина.
-- 17.07.2015, 14:03 --Простейший пример - спектры атомов и эффект Зеемана, когда вырождение по энергии снимается во внешнем магнитном поле.