Но ведь в случае гравитации можно вообще не использовать собственную массу тел при расчете воздействия, а сразу приписать каждой точке пространства определенное ускорение на удалении от источника гравитации.
Можно, но такой способ расчёта сам по себе полагается на равенство гравитационной и инертной масс. А именно это в эксперименте и надо проверить! То есть, расчёт эксперимента должен допускать неравенство этих величин, и поэтому не может быть устроен таким образом.
(Это, кстати, интересная вещь. Эксперимент по проверке какой-то теории - не может полагаться на расчёты именно этой теории. Он должен допускать какие-то отклонения от этих расчётов в ту или иную сторону. И в какую - для этого нужна другая теория, "подгоночного" типа, которая называется проверочной - test theory. Если ставится эксперимент по выбору между несколькими возможными теориями, то проверочная теория должна обобщать их обеих, "ставить на одно поле", и делать выбор между ними как количественные значения тех или иных параметров. При этом, сама проверочная теория не обязана быть логически полной, и позволять делать сложные далёкие предсказания - её природа ближе к чисто феноменологической.)