В отличии от WAV файла, mp3 — просто поток фреймов. Поэтому, вырезав нужные Вам куски mp3directcut, их склеивают командой
Код:
copy /b file1 + file2 + file3 file-target
Дёшево и сердито.
P.S. Если у Вас в файлах были mp3 теги (ID3), их, конечно, нужно убрать до склейки.