То есть определение заданное только через перпендикулярную площадку не является общим?
Почему? Оно эквивалентно другому.
Использовать его, скажем, для определения плотности тока через площадку нормаль которой составляет некоторый угол с направлением вектора скорости заряда (зарядов) уже будет не верным?
Разумеется. В таком случае, вам надо отвлечься от заданной площадки, найти другую, перпендикулярную, через неё применить определение, а потом, уже имея вектор тока, вернуться к заданной.
в физике в принципе часто делаются такого рода переходы: как например, в случае перехода от объема призмы (заданного через произведение основания на высоту) к заданию объема через скалярное произведение векторов - в чем тут преимущество?
С векторами удобней работать, для них есть алгебра операций с удобными свойствами, в том числе, работают дифференцирования и интегрирования.