Боюсь, что файл все-таки двоичный.
junika, если Вам не трудно, киньте ссылочку, по которой Вы загружали…
Мое объяснение (совсем не обязательно, верное) таково: когда Вы переходите по ссылке, броузер в ответе получает тип файла (MIME type). В принципе, именно он (а не расширение файла) определяет реакцию броузера. Но чудеса начинаются, если по каким-то причинам тип неправильный. Броузер не знает, что делать, и предоставляет пользователю решать. В частности, если
http://mysite.com/getfile.php?myjunk возвращает двоичный объект с левым типом, броузер его сохранит как getfile.php. На самом деле, никакого отношения к PHP он уже не имеет: это продукт жизнедеятельности скрипта getfile.php на сервере, вызванного с параметром myjunk. Но так уж устроен броузер (и мир).
Так что ответ на первоначальный вопрос: поскольку виндузе определяет тип файла по расширению, это расширение надо поменять. На что? сказать нельзя, не имея либо самого файла, либо его источника. Что Вы пытались загрузить?