А еще в контексте вопроса можно почитать про
"координаты реакции". Грубо говоря, квантовая химия позволяет вычислить поверхность потециальной энергии. Каждой реакции соответсвует определенный путь на этой поверхности из одного устойчивого состояния в другое. И путь реакции, и реагенты, и продукты реакции определяются набором координат на этой поверхности.