Есть один вложенный файл, там листинг программы находится, где есть и begin и end
Это не страшно, если оформлено правильно, т.е. не воспринимается как TeXовская команда.
-- 25.03.2014, 15:20 --! LaTeX Error: \begin{enumerate} on input line 6 ended by \end{document}.
А! Так что ж Вы сообщение об ошибке не прочитали. Где-то \begin{enumerate} не закрыт или закрыт некорректно.