Два
А надо три.
Но ведь один заряд не участвует в перемещении. Почему его потенциальное энергию взаимодействия с другими зарядами тоже нужно включать?
Потому что меняется его расстояние до других зарядов. А значит, меняется и его взаимодействие с другими зарядами, и потенциальная энергия этого взаимодействия.
Другой способ рассуждений: вся система имеет какую-то энергию, независимо от того, где она вообще в пространстве расположена. Мы можем переместить её всю, как целое, в другое место, и ничего не изменится (это часть принципа относительности, но не важно). Тогда, вместо того, чтобы поменять местами 1-й и 2-й заряды, и оставить неподвижным 3-й, мы можем мысленно представить себе то же самое изменение конфигурации, как изменение положения, например, 1-го и 3-го зарядов, так что остаётся неподвижно на своём месте 2-й. Или, можно представить себе это же изменение конфигурации, мысленно оставив неподвижным 1-й. Все эти способы приведут к одному и тому же итоговому расположению зарядов.