В общем, самое главное там в первой строчке:
\documentclass[12pt,a5paper]{report}
Вопрос в том, какой именно класс документа вы используете. Ну и список ваших
\numberwithin , на всякий случай. Вот теперь уже есть с чем разбираться.
Чтобы другим людям было удобно читать ваши файлы, выкладывайте их не в теге [ code ], а в теге [ syntax lang="latex" ].
-- 02.02.2014 22:58:03 --В Mittelbach, Goossens. The LaTeX companion (2ed., AW, 2004) я нашёл упоминание команды
\@removefromreset . Попробуйте вставить строчку
\@removefromreset{section}{chapter}
в вашем главном файле перед строчками
\numberwithin .