Вычитая некоторую функцию из искомого решения

всегда же можно свести задачу, у которой граничные условия

. У меня вопрос: почему именно можно брать функционал

, т.е. откуда он возник?
Ну, положим, если на краю заданы условия на вторые и третьи производные, то никаким вычитанием их к условиям на функцию и ее первую производную не свести. Это так, к слову.
Что касается функционала, то он подобран так, чтобы после варьирования получилось нужное нам уравнение.
Неловко спрашивать, но Вы в курсе, что такое вариация функционала?
Если да, то вот Вам и ответ на Ваш вопрос - откуда такой функционал взялся.
Если нет, то надо бы Вам прежде всего взглянуть на начала вариационного исчисления. Иначе эти разговоры о минимизации функционалов будут Вам непонятными.
Вернемся к неоднородным гран. условиям. Действительно, вычитанием некой функции, гран. условия можно обнулить. При этом, для линейных уравнений изменилась бы только правая часть. А вот в нашем нелинейном случае изменится и само уравнение. После этого надо будет заново подобрать функционал для минимизации. В принципе это не трудно.
Но проще не возиться с этими вычитаниями и преобразованиями, а искать минимум в классе функций с заданными (а не однородными) гран. условиями.