Вы на
www.atmel.com смотрели applicaton notes для Меги? В application notes обычно бывают всякие примерчики. И еще - по данной теме (о программировании для микроконтроллеров и не только) есть хорошая конфа:
http://www.telesys.ru/wwwboards/mcontrol/index.shtml
Тамошний народ наверняка ответит на Ваши вопросы.