Уже со случаем Б возникают непонятки (о которых я писал выше), наводящие на мысль, что его просто не существует
Существует, правда на правах экзотики... Как лечение инфекций у иммунодефицитных, например. 
Точнее, инфекций, которые организм сам отлавливать не может - куча (те же медленные вирусные в нейронах, да и многие опухоли туда же можно отнести...), но вот вылечить их "до последнего гада" - действительно редкость и экзотика... 
Что-то вы "из пушек по воробьям" :) Сейчас даже по дыхательному тесту их наличие можно определить
 А можно подробнее? Дыхательный тест знаю только изотопный, что и описал... (Биопсию и всякую классику вроде ПЦР и ИФА сюда не примешиваем)
Ну, не одни, а в комплексе с понижающими секрецию желудка препаратами. Но не суть. Главное, что все вполне адекватно - как еще вы предлагаете избавляться от бактерий?
 Ну вот кишечная палочка тоже бывает патогенной. Будем всех от неё "избавлять"? :)  Если показано наличие, а лучше и то, что есть активная патогенность, да на время лечения каким-нить омнепразолом - не вопрос. 
А всех подряд, да ещё не доказав что х.пилори  там вообще есть?... Собственно, это пересекается с вопросом о дыхательном тесте выше.