Теорию структур Бурбаки совершенно невозможно использовать (и никто, в общем-то, ее и не использовал), по сравнению с естественной и простой теорией категорий; поэтому ее изучение может представлять лишь исторический интерес. Какой-то кусок остался в математической логике (откуда, в общем-то, его и взял Бурбаки), там про сравнение структур любят говорить. С другой стороны, теория категорий не говорит напрямую о структурах, а если хочется примерный аналог «сравнения» — можно говорить о забывающих (строгих) функторах. Посмотрите еще
http://www.tau.ac.il/~corry/publication ... ctures.pdf — там вроде бы есть про это.