Насколько я знаю, всегда существовала проблема с русификацией форматных файлов, основанных на PlainTeX (к ним относится, в частности, AmSTeX). В принципе, эта проблема решаема (см., например,
здесь), но не просто и не сразу - придется повозиться. Поэтому, если в последних версиях MikTeX процесс русификации таких форматов не автоматизирован (а судя по вашему сообщению - это так), то лучше пакет AmSTeX не использовать. Более того, даже при удачной русификации и корректной компиляции некоторые
проблемы неудобства в работе останутся. Дело в том, что команды в LaTeX и AmSTeX немного, но отличаются. Поэтому оформляйте статью с помощью LaTeX (тем более, что это не запрещено).
