Кроме того, что такое диф.ур-я - напрочь забыто, а очень нужно для изучения литературы.
Я бы сначала взял какой-то краткий курс математики. Вроде Демидовича Б.П., Кудрявцев В.А.
Краткий курс высшей математики. Обычно по таким книгам можно освежить какие-то знания. Если не получится, следует, видимо, взять что-то более увесистое.
определять напряженно-деформированное состояние стержневых и оболочечных систем
Ну это тот же строймех или сопромат. Тут, вероятно, вы в литературе сами хорошо осведомлены.
сплошных сред (задачи фильтрации в том числе), с использованием диф. уравнений и численных методов (метод конечных элементов, прежде всего, как самый используемый в строительстве).
Это нужно дополнительно изучить основы математической физики и взять какую-нибудь хорошую книгу по механике сплошной среды. Например, ЛЛ-6 (местами) + ЛЛ-7, но это для хорошего понимания физики. В принципе, есть немало книг по МСС (Седов, например). После этого численные методы. Сначала вообще, а потом уже решения ДУвЧП. А после этого - МКЭ.
Но это обстоятельная программа. Можно попробовать с места в карьер, но это рискованно тем, что будет бессистемность.